EBI-ENA数据库 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home 002、 测试下载 ascp -vQT -l 500m -P33001 -k1-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR122/079/SRR12207279/SRR12207279_1.fastq.gz ./ reference: 01、 SRA数据下载(通过EBI-...
通过ncbi的run列表编号利用Aspera来下载fastq文件,通过EBI-ENA数据库,在这之前都是用ncbi的官方工具sratoolkit,使用prefetch下载,用着除了慢一点还挺简单方便的,但是在大批的sra文件下的话就显得力不从心了,之后为了快点就了解了Aspera,看着比http快得不是一点两点,简直是一个天上一个地下。后面了解到服务器用Aspera...
该数据集包括39个SRR,是由Pacbio使用Sequel I测序仪进行的三代测序(小分子实时测序,SMRT),文库类型是CCS-13.5kb。 物种:Homo sapiens。 2.2 EBI-ENA数据库——确定需要下载数据集的下载地址 因为EBI-ENA数据库可以直接提供fastq格式测序文件,省去了sra文件转fastq文件的时间EBI-ENA数据库,检索SRX5327410,点击View ...
EBI的核心数据库包括：ENA（核酸序列数据库），Ensembl（基因组数据库），ArrayExpress（基因表达数据），UniProtKB（蛋白质序列），InterPro（蛋白质家族/域/蛋白指纹），以及PDBe（大分子结构数据库）。ENA起源于EMBL-Bank核酸序列数据库，是欧洲最重要的核酸资源，与美国NCBI的GenBank和日本DDBJ共同构成国际...
不一样。1、ebi是为科学界建立和维护生物学数据库，提供免费的数据和生物信息服务。2、ENA即抗可溶性抗原Extractablenuclerantigen（抗体）的简写
ENA: 欧洲核酸数据库(简称ENA,又被称为EMBL-Bank)是欧洲最主要的一级核酸数据资源。它搜集了大量的DNA与RNA顺序以及相关的注释数据。ENA每三个月产生一次新版本。每天的数据更新来源于多途径的数据提交,以及与伙伴数据库Genbank(美国)和DDBJ(日本)的数据交换。EMBL-CDS是通过整理ENA内的编码顺序而建立的一个数据库...
另一个常用的数据库是UniProt,它是非常详尽和全面的蛋白质数据库。你可以通过输入UniProt ID或蛋白质的序列信息来获取相关的蛋白质功能和特性。 此外,EBI还提供了许多其他有用的数据库和工具,如EMBL-EBI Tools、EB-eye搜索引擎和ENA等。你可以根据自己的需要浏览官方网站的导航栏以找到你需要的数据库和工具。 在使...
做基因组数据分析,可能经常从NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA数据库下载高通量的数据,动辄几十G的数据用wget下载实在太纠结,这时就要用到神器-Aspera了。 使用Aspera,最简单的方法当然就是使用浏览器插件Aspera Connect了,跟迅雷、Flashget的用法差不多,直接单击As...
ebi拥有超过20年的生物信息学研究和服务经验，作为全球收集和传播生物数据、提供免费生物信息服务的欧洲节点，其重要性不言而喻。该所管理维护着世界最全面的分子生物数据库，其中包括许多生物学家熟悉的数据库，如ENA（核酸序列数据库）、Ensembl（基因组）、ArrayExpress（基因表达数据）、UniProtKB蛋白质序列...
管理维护全面的分子生物数据库：EBI管理着包括ENA、Ensembl、ArrayExpress、UniProtKB、InterPro和PDBe等在内的多个世界知名的分子生物数据库，这些数据库涵盖了核酸序列、基因组、基因表达数据、蛋白质序列、蛋白质家族/域/蛋白指纹以及大分子结构等多个方面。综上所述，EBI是全球收集和传播生物数据、提供免费...