init有两个子命令,一个是init_bulk,另一个是init_surf,顾名思义,根据体系是bulk还是surface来选择使用二者之一。 这里以Li-Si晶体结构为例,讲解init_bulk的用法。你可以在完成后进一步尝试init_surf构建表面体系的初始数据集。 init_bulk INCAR_rlx INCAR_md POTCAR(每个元素指定一个文件) param.json machine.jso...
#读入 init过程后获得的 初始结构 sys_configs_prefix String “~/data/1_LiSi_Example” 指定 进行 01.model_devi MD模拟的起始构象所在目录的前缀 sys_configs List of list of String [ ["LiSi.POSCAR.01x01x01/02.md/sys-0016-0016/scale-1.000/00000[0-9]/POSCAR"],[ "LiSi.POSCAR.01x01x01/...
请教老师们，在使用DP-Gen产生初始数据集（即dpgen init_bulk）时，出现了如下报错，说我的poscar文件...
dpgen run: Main process of Deep Potential Generator. Init: Generating initial data. dpgen init_bulk: Generating initial data for bulk systems. dpgen init_surf: Generating initial data for surface systems. dpgen init_reaction: Generating initial data for reactive systems. dpgen simplify: Reducing...
教程目前进展DPGENinit 课程已上传至Bohrium平台网址：https://bohrium.dp.tech/courses/1075495070?tab=...
zjgemi Fix init_model_old_ratio for multitask (deepmodeling#221) May 17, 2024 76c9657·May 17, 2024 History 279 Commits .github CI: Mirror the repository to Gitee (deepmodeling#212) Apr 13, 2024 docs Fix download and watch for prep-run-explore (deepmodeling#215) ...
dpgen/__init__.py (1 hunks) dpgen/auto_test/EOS.py (1 hunks) dpgen/auto_test/Elastic.py (1 hunks) dpgen/auto_test/Gamma.py (3 hunks) dpgen/auto_test/Interstitial.py (9 hunks) dpgen/auto_test/Surface.py (3 hunks) dpgen/auto_test/VASP.py (2 hunks) dpgen/auto_test/Vacancy...
init_pick_number: type: int argument path: simplify_jdata/init_pick_number The number of initial pick data. iter_pick_number: type: int argument path: simplify_jdata/iter_pick_number The number of pick data in each iteration. model_devi_f_trust_lo: type: float argument path: simplify_jda...
00.train:使用 init 准备的初始训练数据与之前迭代积累的训练数据,调用 DeepMD-kit 训练多个 (默认 4 个) 模型。模型间的唯一区别来自于初始化神经网络时使用不同的随机数种子。 01.model_devi:指代 model-deviation。 调用 LAMMPS 使用 00.train 的 1 个模型进行 MD 模拟。对于任一 MD 中 snapshot,模型间预...
init_pick_number: type: int argument path: simplify_jdata/init_pick_number The number of initial pick data. iter_pick_number: type: int argument path: simplify_jdata/iter_pick_number The number of pick data in each iteration. model_devi_f_trust_lo: type: float argument path: simplify_jda...