参考官方安装文档:2.1. Install DP-GEN — DeepModeling Tutorial 0.1 documentation 这里用简便的pip安装dpgen,只需要一句 pip install dpgen 接下来,检查dpgen是否装好了 dpgen -h 如果出现了以下提示,便是安装完成了。 另外,要安装依赖 pip install oss2 Step 2 准备输入文件 如果你想跳过Step 1,那么你可以...
因为 dpgen init_bulk 读取结构信息的格式是POSCAR(VASP)和STRU(ABACUS)两种,只要通过 from_poscar 参数和 from_poscar_path参数确定结构信息就可以,因此这个参数没有设置的必要。 5. super_cell:做分子动力学需要超胞,这里写超胞的尺寸。比如[2,2,2]表示沿着xyz方向扩胞。 6. from_poscar:True or False。dp...
比如,用户可以单独运行步骤1和2,从而生成dpgen run命令的起始步所需要的超晶包(supercells)。 二、如果 MACHINE文件不存在,则仅执行所有步骤中的一步,DP-GEN会生成相应的任务,但是用户需要介入并提交脚本。 官网提供的生成hcp结构的PARAM脚本如下: { "stages" : [1,2,3...
All parameters below can be set in DP-GUI. By clicking “SAVE JSON”, one can download the input file. init_reaction_mdata: type: dict argument path: init_reaction_mdata machine.json file api_version: type: str, optional, default: 1.0 argument path: init_reaction_mdata/api_version ...
init_fp_style:# type:str(flag key), default:VASP argument path:init_bulk_jdata/init_fp_style possible choices:VASP,ABACUS First-principle software. If this key is absent. VASP: No more parameters is needed to be added. ABACUS: ABACUS ...
dpgen init_bulk PARAM [MACHINE] 其中MACHINE文件是可选的。 一、如果存在该文件,那么提交optimization或者MD任务时,程序会从中读取相关参数。init_bulk型任务在PARAM文件中分为四步: 1. 结构优化,工作文件夹是0.place_ele; 2. 微扰和标定,工作文件夹是01.scale_pert; ...
Init_bulk You may prepare initial data for bulk systems with VASP by: dpgeninit_bulkPARAM[MACHINE] The MACHINE configure file is optional. If this parameter exists, then the optimization tasks or MD tasks will be submitted automatically according to MACHINE.json....
argument path:init_reaction_jdata/reaxff/tau_t Time to determine how rapidly the temperature. Unit: fs. dump_freq:# type:int argument path:init_reaction_jdata/reaxff/dump_freq Frequency of time steps to collect trajectory. nstep:#