init有两个子命令,一个是init_bulk,另一个是init_surf,顾名思义,根据体系是bulk还是surface来选择使用二者之一。 这里以Li-Si晶体结构为例,讲解init_bulk的用法。你可以在完成后进一步尝试init_surf构建表面体系的初始数据集。 init_bulk INCAR_rlx INCAR_md POTCAR(每个元素指定一个文件) param.json machine.jso...
dpgen init_bulk PARAM [MACHINE] 其中MACHINE文件是可选的。 一、如果存在该文件,那么提交optimization或者MD任务时,程序会从中读取相关参数。init_bulk型任务在PARAM文件中分为四步: 1. 结构优化,工作文件夹是0.place_ele; 2. 微扰和标定,工作文件夹是01.scale_pert; 3...
因为 dpgen init_bulk 读取结构信息的格式是POSCAR(VASP)和STRU(ABACUS)两种,只要通过 from_poscar 参数和 from_poscar_path参数确定结构信息就可以,因此这个参数没有设置的必要。 5. super_cell:做分子动力学需要超胞,这里写超胞的尺寸。比如[2,2,2]表示沿着xyz方向扩胞。 6. from_poscar:True or False。dp...
init_fp_style:# type:str(flag key), default:VASP argument path:init_bulk_jdata/init_fp_style possible choices:VASP,ABACUS First-principle software. If this key is absent. VASP: No more parameters is needed to be added. ABACUS: ABACUS ...
请教老师们，在使用DP-Gen产生初始数据集（即dpgen init_bulk）时，出现了如下报错，说我的poscar文件...
dpgen init_surf machine parameters init_reaction dpgen init_reaction parameters dpgen init_reaction machine parameters Simplify Simplify dpgen simplify parameters dpgen simplify machine parameters Auto test Autotest Overview: Autotest for Deep Generator ...
init_bulk : 生成bulk体系的初始数据; init_surf : 生成表面材料的初始数据; run : 深度生成器的主程序; test: 深度势的自动测试; db: 收集DP-GEN的数据。 可以通过下面的脚本检查json合理性。 import json#Specify machine parameters in machine.jsonjson.load(open("machine.json...
dpgen init_reaction: Generating initial data for reactive systems. dpgen simplify: Reducing the amount of existing dataset. dpgen autotest: Autotest for Deep Potential. For detailed usage and parameters, readDP-GEN documentation. Tutorials: basic tutorials for DP-GEN. ...
dpgen init_bulk: Generating initial data for bulk systems. dpgen init_surf: Generating initial data for surface systems. dpgen init_reaction: Generating initial data for reactive systems. dpgen simplify: Reducing the amount of existing dataset. ...
init_bulk过程: 数据集准备:收集并整理初始数据集。 文件结构管理:确保文件组织有序,便于后续处理。 中断重启:在遇到中断时,知道如何恢复运行。 run过程: 迭代训练:每个迭代包含训练步骤,用于优化势函数。 模型偏差评估:评估当前势函数的偏差,指导后续优化。 力场参数生成:基于训练结果生成新的力场参数。 输出文件分析...