init有两个子命令,一个是init_bulk,另一个是init_surf,顾名思义,根据体系是bulk还是surface来选择使用二者之一。 这里以Li-Si晶体结构为例,讲解init_bulk的用法。你可以在完成后进一步尝试init_surf构建表面体系的初始数据集。 init_bulk INCAR_rlx INCAR_md POTCAR(每个元素指定一个文件) pa
dpgen init_bulk PARAM [MACHINE] 其中MACHINE文件是可选的。 一、如果存在该文件,那么提交optimization或者MD任务时,程序会从中读取相关参数。init_bulk型任务在PARAM文件中分为四步: 1. 结构优化,工作文件夹是0.place_ele; 2. 微扰和标定,工作文件夹是01.scale_pert; 3...
全部参数可以直接参考官网:https://docs.deepmodeling.com/projects/dpgen/en/latest/init/init-bulk-jdata.html 1. stages:init_bulk总共有四个功能模块,分别用数字1,2,3,4表示。其中1表示根据初始结构做结构优化;2表示将优化好的结构做一系列的微扰结构;3表示根据一系列微扰结构做分子动力学;4表示将分子动力学...
假定用VASP软件生成bulk体系的初始结构,执行命令: dpgen init_bulk PARAM [MACHINE] 其中MACHINE文件是可选的。 一、如果存在该文件,那么提交optimization或者MD任务时,程序会从中读取相关参数。init_bulk型任务在PARAM文件中分为四步: 1. 结构优化,工作文件夹是0.place_ele; 2. 微扰和标定,工作文件夹是01.scale...
请教老师们，在使用DP-Gen产生初始数据集（即dpgen init_bulk）时，出现了如下报错，说我的poscar文件...
argument path:init_reaction_jdata/reaxff/tau_t Time to determine how rapidly the temperature. Unit: fs. dump_freq:# type:int argument path:init_reaction_jdata/reaxff/dump_freq Frequency of time steps to collect trajectory. nstep:#
argument path: init_bulk_jdata/potcars Path of POTCAR. cell_type: type: str, optional argument path: init_bulk_jdata/cell_type Specifying which typical structure to be generated. Options include fcc, hcp, bcc, sc, diamond. super_cell: type: list[int] argument path: init_bulk_jdata/super...
init_bulk : 生成bulk体系的初始数据; init_surf : 生成表面材料的初始数据; run : 深度生成器的主程序; test: 深度势的自动测试; db: 收集DP-GEN的数据。 可以通过下面的脚本检查json合理性。 import json#Specify machine parameters in machine.jsonjson.load(open("machine.json...
init_bulk过程: 数据集准备:收集并整理初始数据集。 文件结构管理:确保文件组织有序,便于后续处理。 中断重启:在遇到中断时,知道如何恢复运行。 run过程: 迭代训练:每个迭代包含训练步骤,用于优化势函数。 模型偏差评估:评估当前势函数的偏差,指导后续优化。 力场参数生成:基于训练结果生成新的力场参数。 输出文件分析...
dpgen init_surf: Generating initial data for surface systems. dpgen init_reaction: Generating initial data for reactive systems. dpgen simplify: Reducing the amount of existing dataset. dpgen autotest: Autotest for Deep Potential. For detailed usage and parameters, read DP-GEN documentation. Tutori...