今天给大家介绍一款在R语言中的工具DoubletFinder。首先看下包的安装: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 install.packages(“devtools”)devtools::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder')install.packages(“Seurat”)install.packages('hdf5r')install.packages("tidyverse")...
在R环境中安装doubletfinder包,可以按照以下步骤进行: 打开R环境: 首先,确保你已经打开了R或RStudio环境。 安装doubletfinder包: 在R控制台中运行以下命令来安装doubletfinder包: R install.packages("doubletfinder") 这个命令会从CRAN(Comprehensive R Archive Network)下载并安装doubletfinder包。如果CRAN上没有...
今天果果要给你介绍一个非常实用的R包,叫做DoubletFinder。 你可能已经知道,为了解决生物学的复杂问题,研究人员已经开始转向单细胞测序技术。这项技术能够帮助我们在单个细胞级别上理解基因表达的微妙差异,揭示生物体的更深层次的复杂性。然而,这项技术也有它的陷阱。其中之一就是会形成双细胞(doublets),即两个细胞在...
DoubletFinder是一个专门用于检测和去除单细胞数据分析中双细胞问题的R语言包，它与Seurat包无缝集成。该工具通过生成人工模拟的doublets，并将它们融入原始单细胞表达数据中，计算每个细胞与人工doublets之间的最近邻概率（pANN），从而对双细胞概率进行排序。通过结合泊松分布统计原理，可以计算每个样本中的doubl...
R package for detecting doublets in single-cell RNA sequencing data - DoubletFinder/DoubletFinder.Rproj at master · ekernf01/DoubletFinder
conda install conda-forge::r-seurat conda install bioconda::bioconductor-dropletutil 根据官网工具(https://github.com/chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder)的使用要求:doubleFinde是对单个样本处理的,并且输入数据不能包含低质量的细胞簇。那么在使用doublefinder之前,先进行过滤。
library(stringr) library(SingleR) library(GEOquery) 读取上次保存的数据: ## 读取上次保存的数据 # saveRDS(rna,"./rna_predoublet_PassedPC1Checks.rds") rna <- readRDS("./02-scRNA_Res/rna_predoublet_PassedPC1Checks.rds") rna 这里对于pK参数的选择,我对其进行了一下可视化: ...
875 0 15:28 App SCS【22】单细胞转录组之 RNA 速度估计 (Velocyto.R) 1109 0 09:54 App SCS【17】从单细胞转录组推断肿瘤的CNV和亚克隆 (copyKAT) 388 0 00:45 App 单细胞测序如何颠覆肿瘤研究? 1933 0 09:52 App SCS【2】单细胞转录组 之 cellranger 3694 0 00:19 App 用Deepseek做技术路线...
我们一般拿到单细胞矩阵需要做的一个预处理步骤是去双胞，而常用的一个R包是 DoubletFinder ，详细教程可查阅其GitHub主页，本文主要展示如何使用这个包，以及批量化处理的脚本示例。因为实际分析情况中会有多个矩阵需要单独去除双胞，样本多起来就比较麻烦，因此封装成函数是一个办法。这篇文章会详细展示...
DoubletFinder requires the following R packages:Seurat (>= 2.0) Matrix (1.2.14) fields (9.6) KernSmooth (2.23-15) ROCR (1.0-7) parallel (3.5.1) NOTE: These package versions were used in the bioRxiv paper, but other versions may work, as well....