DoubletRate=0.039#5000细胞对应的doublets rate是3.9%homotypic.prop<-modelHomotypic(pbmc$seurat_clusters)# 最好提供celltype nExp_poi<-round(DoubletRate*ncol(pbmc))nExp_poi.adj<-round(nExp_poi*(1-homotypic.prop))## 使用确定好的参数鉴定doublets pbmc<-doubletFinder_v3(pbmc,PCs=pc.num,pN=0.25...
nExp_poi<-round(DoubletRate*nrow(scRNA@meta.data))# 使用同源双细胞比例对推算出期望的异源双细胞数量nExp_poi.adj <- round(nExp_poi*(1-homotypic.prop))##使用DoubletFinder算法来检测和去除单细胞数据中的异源双细胞。doubletFinder_v3函数会对单细胞对象scRNA进行双细胞检测和鉴定。这个函数有以下参数:...
经过调整预期的doublet数量并考虑同源doublet后,最终预测的异源doublet数量修正为473个,这使得97%的CDTCs被识别为单细胞,表明DoubletFinder在处理具有中间表达谱的细胞状态时,如果没有合理地调整参数,有可能会不够敏感。同时DoubletFinder对同源doublet也不敏感,需根据细胞类型频率估算同源doublet比例,以减少假阳性结果。
今天给大家介绍一款在R语言中的工具DoubletFinder。首先看下包的安装: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 install.packages(“devtools”)devtools::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder')install.packages(“Seurat”)install.packages('hdf5r')install.packages("tidyverse") 接下来我...
##使用DoubletFinder算法来检测和去除单细胞数据中的异源双细胞。doubletFinder_v3函数会对单细胞对象scRNA进行双细胞检测和鉴定。这个函数有以下参数: PCs:表示要使用的主成分数量,这里是1到15。 pN:表示每个细胞被合并成人工异源双细胞的概率,这里是0.25。
SCS【35】单细胞转录组之去除双细胞 (DoubletFinder)https://mp.weixin.qq.com/s/85forl-pun9aV7Yeqj1uoA关注桓峰基因公众号,获得更多学习资源!桓峰基因推出全新生信分析文字版和视频版免费教程,欢迎大家来围观,在公众号搜索即可获得相关教程!有测序,生信分析,文章合
DoubletFinder 是一个用于R语言的包,而不是Python包,因此你不能使用 pip install doubletfinder 来安装它。以下是在R环境中安装DoubletFinder的步骤: 确保R环境已安装并配置好: 首先,你需要在你的计算机上安装R或RStudio。如果还没有安装,可以从R官方网站下载并安装。 打开R或RStudio: 启动R或RStudio环境,确保...
下面将介绍一些常用的DoubletFinder参数,以帮助您更好地使用该工具。 一、基本参数 1.搜索范围:指定搜索的区域或对象列表,可以根据需要选择不同的搜索范围和对象列表。 2.类型:指定搜索类型,如图像、视频等。 3.检测算法:选择适当的检测算法,以提高检测的准确性和速度。 二、检测参数 1.阈值:设置检测结果的质量...
DoubletFinder算法预测双细胞 这个软件于2019年4月24发表在 Cell Systems(2021年影响因子 11.091),文献标题为:《DoubletFinder: Doublet Detection in Single-Cell RNA Sequencing Data Using Artificial Nearest Neighbors》。 双包体阻碍了差异基因表达分析,因为双包体在基因表达空间中单独聚集,与它们所源于的细胞类型共...
sc_data <- doubletFinder(sc_data, PCs = 1:15, pN = 0.25, pK = mpK, nExp = nExp_poi.adj, # 使用调整后的双细胞数 reuse.pANN = F, # 复用已有的pANN矩阵加速 sct = F) # 第六步:清洗数据——剔除双细胞 sc_clean <- subset(sc_data, cells = colnames(sc_data)[sc_data$DF.class...