DoubletRate=0.039#5000细胞对应的doublets rate是3.9%homotypic.prop<-modelHomotypic(pbmc$seurat_clusters)# 最好提供celltype nExp_poi<-round(DoubletRate*ncol(pbmc))nExp_poi.adj<-round(nExp_poi*(1-homotypic.prop))## 使用确定好的参数鉴定doublets pbmc<-doubletFinder_v3(pbmc,PCs=pc.num,pN=0.25...
nExp_poi<-round(DoubletRate*nrow(scRNA@meta.data))# 使用同源双细胞比例对推算出期望的异源双细胞数量nExp_poi.adj <- round(nExp_poi*(1-homotypic.prop))##使用DoubletFinder算法来检测和去除单细胞数据中的异源双细胞。doubletFinder_v3函数会对单细胞对象scRNA进行双细胞检测和鉴定。这个函数有以下参数:...
DoubletFinder是一个强大的工具,可以帮助你在单细胞转录组测序(scRNA-seq)数据中发现并剔除双细胞。那么,让我们一起踏上寻找单细胞数据中双细胞的神秘之旅吧! DoublebletFinder基础原理及步骤 从现有的单细胞表达数据中随机将两个细胞的基因表达数据相加来,模拟可能出现的doublet的基因表达情况,生成人工模拟的双细胞。
nExp_poi<-round(DoubletRate*nrow(scRNA@meta.data))# 使用同源双细胞比例对推算出期望的异源双细胞数量nExp_poi.adj <- round(nExp_poi*(1-homotypic.prop))##使用DoubletFinder算法来检测和去除单细胞数据中的异源双细胞。doubletFinder_v3函数会对单细胞对象scRNA进行双细胞检测和鉴定。这个函数有以下参数:...
对比《单细胞分析十八般武艺8:Garnett》中使用Gernett分类器鉴定的结果(下图),我发现一个有意思的现象:DoubletFinder识别的doublets与Garnett定义为Unknown的类型有一些是重合的。
为了安装doubletfinder,我们需要先确定其安装环境。根据doubletfinder的常用性,我们假设它是在Python环境中使用的库(尽管也存在其他可能性,但这里我们基于最常见的假设进行说明)。以下是在Python环境中安装doubletfinder的详细步骤: 确定安装环境: 确认你的计算机上已经安装了Python。你可以通过在命令行中输入python --ver...
DoubletFinder算法预测双细胞 这个软件于2019年4月24发表在 Cell Systems(2021年影响因子 11.091),文献标题为:《DoubletFinder: Doublet Detection in Single-Cell RNA Sequencing Data Using Artificial Nearest Neighbors》。 双包体阻碍了差异基因表达分析,因为双包体在基因表达空间中单独聚集,与它们所源于的细胞类型共...
下面将介绍一些常用的DoubletFinder参数,以帮助您更好地使用该工具。 一、基本参数 1.搜索范围:指定搜索的区域或对象列表,可以根据需要选择不同的搜索范围和对象列表。 2.类型:指定搜索类型,如图像、视频等。 3.检测算法:选择适当的检测算法,以提高检测的准确性和速度。 二、检测参数 1.阈值:设置检测结果的质量...
另一个工具是DoubletFinder。其原理是从现有的矩阵的细胞中根据我们预先定义好的细胞类型模拟一些双细胞出来(比如单核和T细胞的双细胞、B细胞和中性粒细胞的双细胞等等),将模拟出的双细胞和原有矩阵的细胞混合在一起,进行降维聚类,原则上合成doublets占所有细胞的比例为pN,默认最大pN为25%,目的是生成足够多的人工do...
SCS【35】单细胞转录组之去除双细胞 (DoubletFinder)https://mp.weixin.qq.com/s/85forl-pun9aV7Yeqj1uoA关注桓峰基因公众号,获得更多学习资源!桓峰基因推出全新生信分析文字版和视频版免费教程,欢迎大家来围观,在公众号搜索即可获得相关教程!有测序,生信分析,文章合