打开R环境: 首先,确保你已经打开了R或RStudio环境。 安装doubletfinder包: 在R控制台中运行以下命令来安装doubletfinder包: R install.packages("doubletfinder") 这个命令会从CRAN(Comprehensive R Archive Network)下载并安装doubletfinder包。如果CRAN上没有该包,你可能需要从GitHub或其他源进行安装。 等待安装完...
DoublebletFinder实战 首先,你需要安装DoubletFinder这个R包。可以用小果前面介绍的神器devtools从GitHub上下载并安装它: devtools::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder') 安装好了之后,就可以加载这个包了: library(DoubletFinder) 这里我们选择了一套包含4000多个细胞的人类肾脏样本作为示例数据: https:...
$ tar-zxvf R-4.2.0.tar.gz 配置 $ ./configure --enable-R-shlib=yes --prefix=/disks/software/R-4.2.0 安装 $ make $ make install 注意此时的R-4.2.0安装的位置与默认位置不同,需要创建aliases 默认的R $ alias R3.6.0=/usr/local/bin/R 新装的R $ alias R4.2.0=/home/admin/R-4.2.0/...
回到R studio 删除并卸载环境中的R包并重新安装 >detach("package:DoubletFinder",unload=TRUE)#解除环境中的R包>remove.packages("DoubletFinder")#卸载R包>devtools::install_local("your path/DoubletFinder.zip")#使用修改后的源文件安装>library(DoubletFinder)>sweep.list<-paramSweep(plaque_harmony,PCs=1...
DoubletFinder是一个基于R的doublet检测工具,在它的GitHub主页上,作者给出了如何将它与seurat结合进行分析的代码。在实践过程中,小L发现两个问题。 一是作者给出的范例仅针对我们有一个样本数据的情况下。如果我们有多个样本时,在分析的哪一步进行doublet检测就变得复杂起来了。我们是在对数据进行基础的筛选以及去除...