在许多的细胞生命活动中,例如DNA复制、mRNA转录与修饰以及病毒的感染等都涉及到DNA与蛋白质之间的相互作用的问题。近半个世纪以来, 前辈们在DNA-蛋白质复合物的构成和分解过程中进行了大量探索, 发展了一系列研究其互作关系的方法技术。 1.EMSA:凝胶迁移实验 【实验目的】检测DNA与蛋白质的是否结合 凝胶迁移或
问题一:ChIP-seq从样本准备到拿到测序结果整体流程是怎样的? 使用甲醛固定细胞,将DNA与蛋白质交联;裂解细胞、分离染色质,通过超声或酶处理将染色质随机切割;然后利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来;解...
ChIP 的一般流程是:甲醛固定细胞---收集细胞,将染色质复合物中 DNA 切割---加入目的蛋白的抗体,与靶蛋白-DNA 复合物相互结合---加入Protein A 或 Protein G 微珠,结合抗体-靶蛋白-DNA 复合物并沉淀---对沉淀下来的复合物进行清洗,除去一些非特异性结合---洗脱,得到富集的靶蛋白-DNA 复合物---解交联,纯化...
凝胶迁移实验又称凝胶阻滞实验或电泳迁移率实验(EMSA,electrophoretic mobility shift assay),是一种定性或定量分析蛋白-核酸相互作用的方法。最初用于研究转录因子与启动子的相互作用,目前同样应用于RNA结合蛋白与RNA的互作研究。EMSA实验能够检测核酸的电泳迁移速率。核酸可以被放射性同位素、共价/非共价荧光基团或生物素标...
一、DNA-蛋白质互作——染色质状态和功能研究 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作(DNA-Protein Interactions,DPIs)是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎涉及所有的生命活动。 DNA结合...
这种互作在基因表达调控、DNA复制等众多生物学过程中发挥关键作用。蛋白质通过特定结构域识别并结合到DNA的特定序列上。常见的蛋白质结构域有锌指结构域,能精准结合DNA 。亮氨酸拉链结构域也参与蛋白质与DNA的相互作用过程。螺旋-转角-螺旋结构域可与DNA大沟进行特异性结合 。蛋白质与DNA的互作强度受多种因素影响,如...
简要使用流程（以蛋白质-DNA互作预测为例）使用条件 科学上网 + Google账号 访问AlphaFold Server 浏览器访问AlphaFold Server（https://alphafoldserver.com/） → 登录Google账号 （点击Continue with Google，图1） → 进入AlphaFold Server工作页面（图2）图1 AlphaFold Server首页 图2 AlphaFold Server工作页面 输入...
蛋白和dna互作的研究手段 研究蛋白和 DNA 互作，电泳迁移率变动分析（EMSA）是常用方法之一，它能检测蛋白与特定 DNA 序列的结合。染色质免疫沉淀技术（ChIP）可用于确定体内蛋白与 DNA 相互作用的位置，例如在某些基因调控区域。荧光共振能量转移（FRET）能实时监测蛋白与 DNA 互作的动态过程，灵敏度较高。酵母单杂交...
目前共有三种应用广泛的蛋白-DNA互作研究技术，我们称之为蛋白-DNA互作三驾马车，它们分别是：ChIP、EMSA和双荧光素酶实验。今天来聊聊该系列最后一种-双荧光素酶报告基因实验（luciferase Assay）。说双荧光素酶报告基因实验前先来看看荧光素酶报告基因。啥是荧光素酶报告基因？荧光素酶报告基因是指以荧光素(...