Discovery Studio 官方教程(Help-Tutorials)创建3D QASR模型 采用能量格点作为描述符构建PLS模型(3D-QSAR)教程目的:通过此教程,了解并掌握Discovery Studio中构建三维定量构效关系模型的操作方法及结果分析。所需功能和模块:Discovery Studio Client,DS QSAR。所需数据文件:trainingset.sd,testset.sd。所需时… ...
在该情况下,序列比对结果可以通过利用无冗余序列库(non-redundant sequence database)中的同源序列创建sequence profile来改善。该方法是最为常见的流程,该教程也会给出相应的例子来介绍该方法。 当序列同源性非常低(低于25%)时,采用迭代搜索方法(PSI-BLAST)来搜寻模板,并且利用sequence profile来比对序列。 本教程中,...
目的： 通过此教程，了解Discovery Studio中构建具有活性预测能力的药效团的操作方法及结果分析。所需功能和模块：Discovery Studio Client，DS Catalyst Conformation，DS Catalyst Hypothesis，DS Catalyst Score。所需数据文件：serm_ligands.sd，test_serm_ligands.sd。 所需时间：3分钟 介绍 3D Quantitative Structure-...
目的： 通过此教程，了解Discovery Studio中基于抗体序列构建抗体全长及Framwork区模型的操作方法及结果分析。所需功能和模块：Discovery Studio Client，DS Sequence Analysis，DS MODELER，DS Protein Families，DS Validate Protein Structure。所需数据文件：MA5_H.bsml、MA5_L.bsml 所需时间：1小时 介绍 抗体分子是...
目的：通过此教程，了解Discovery Studio中构建及验证基于受体-配体复合物药效团操作方法及结果分析。所需功能和模块：Discovery Studio Client，DS CatalystConformation，DS CatalystHypothesis，DS Catalyst Score，DS Catalyst SBP。所需数据文件：2irz.pdb，active.sd和inactive.sd 所需时间：50分钟 介绍 随着X-射线...
LibDock是Discovery Studio中的其中一种对接方法。该对接方法首先会针对受体活性位点计算得到热区图，该热区图包含极性和非极性部分；接着不同构象的配体分子分别刚性地叠合至热区图以形成比较合适的相互作用；然后进行能量优化；最后保留打分较高的对接构象。本教程将采用LibDock将一组配体分子对接到胸苷激酶（thymidine ...
Discovery Studio官方教程--药物设计之片段生长 Discovery Studio Grow Scoffold教程 Grow Scoffold – 活性位点先导化合物优化 目的：采用Grow Scoffold，在蛋白活性位点内从骨架进行先导化合物优化 所需功能和模块：Discovery Studio Client, DS CHARMM Lite, and DS CATALYST CONFORMATION.所需数据文件：1kv2_complex....
目的: 通过此教程,了解Discovery Studio中基于抗体序列构建抗体全长及Framwork区模型的操作方法及结果分析。所需功能和模块:Discovery Studio Client,DS Sequence Analysis,DS MODELER,DS Protein Families,DS Validate Protein Structure。所需数据文件:MA5_H.bsml
本教程包括以下步骤: 模板识别 目标序列和模板序列的比对 3D模型的构建(MODELER) 3D结构可靠性的评估 1. 模板的识别 构建同源模型的第一步是基于序列相似性从已知的蛋白结构中识别出一个或多个模板蛋白。通常采用序列相似性搜索程序BLAST来完成该目的。进行BLAST搜索时,数据库可以使用Protein Data Bank(PDB)数据库也...