进行BLAST搜索时,数据库可以使用Protein Data Bank(PDB)数据库也可以用PDB_nr95(PDB非冗余结构数据库)。为缩短搜索时间,通常使用PDB_nr95数据库来寻找模板。 载入序列 在文件浏览器(Files Explorer)中,展开Samples | Tutorials | Protein Modeling文件夹,双击打开P41131.fasta序列文件。 序列P41131在序列窗口中显示。
1 训练集分子的准备 本教程采用一系列选择性的雌激素受体调节剂(SERMs)[Broqi et al., 2009]来构建一个3D QSAR药效团模型用于预测新型小分子的活性。 在文件浏览器(Files Explorer)中,展开Samples | Tutorials | Pharmacophore,双击打开serm_ligands.sd。 在表格浏览器中可以看到一共有24行,代表了24个分子。这...
目的： 通过此教程，了解Discovery Studio中构建基于分子共同特征的药效团的操作方法及结果分析。所需功能和模块：Discovery Studio Client，DS Catalyst Conformation，DS Catalyst Hypothesis，DS Catalyst Score。所需数据文件：5HT2c_ligands.sd，sulfonamide5HT2c_ligands.sd，sampledrugs20.sd。所需时间：30分钟 介绍 C...
在Discovery Studio（DS）中，可以直接构建分子结构，也可以将在其它画图软件中画好的结构直接拷贝到DS中，本教程演示如何在DS中构建小分子结构。1. 调用Sketching功能 从View菜单下，打开Toolbars，选择Sketching。Toolbars中将显示各种Sketching的工具，这些工具可以用来构建化合物的初始结构。2. 利用Sketching构建化合物...
目的:通过此教程,了解Discovery Studio中基于蛋白序列构建同源跨膜蛋白模型的操作方法及结果分析。 所需功能和模块:Discovery Studio Client,DS Sequence Analysis,DS MODELER,DS Protein Families。 所需数据文件:2rh1.pdb,ADRB1_HUMAN.fasta。 所需时间:0.5小时 ...
本期微视频教程以软件内置实例为大家演示在Discovery Studio 中如何完成配体-受体复合物分子动力学模拟操作。建议关注微信公众号【叮当学术】查看对应图文教程~, 视频播放量 14407、弹幕量 4、点赞数 154、投硬币枚数 86、收藏人数 588、转发人数 154, 视频作者 七八分呐,
目的:通过此教程,了解Discovery Studio中蛋白序与蛋白质之间相互对接的操作方法及结果分析。 所需功能和模块:Discovery Studio Client,Dock Proteins
LibDock是Discovery Studio中的其中一种对接方法。该对接方法首先会针对受体活性位点计算得到热区图，该热区图包含极性和非极性部分；接着不同构象的配体分子分别刚性地叠合至热区图以形成比较合适的相互作用；然后进行能量优化；最后保留打分较高的对接构象。本教程将采用LibDock将一组配体分子对接到胸苷激酶（thymidine ...
Discovery Studio2.1中文教程 下载积分: 100 内容提示: DS 教程 By RedSky In SDU DS2.1 教程 介绍 用户界面和鼠标 UI and mouse 打开并游览数据 opening and viewing a data 组合库设计 枚举组合库 enumerate library Pareto optimization of a combinatorial subset library 药效团 ...