所需功能和模块：Discovery Studio Visualizer client 所需数据文件：mdm_random.sd和1aq1.pdb。所需时间：30分钟 介绍 在使用软件进行课题研究前，我们首先应该了解并掌握该软件使用的一些基本操作。为后续的体系处理做好准备工作。这个教程包括：●小分子配体准备 ●蛋白文件的处理 小分子配体准备 在Discovery Studio...
Discovery Studio Flexible Docking教程 Flexible Docking – 全柔性受体-配体对接技术 目的：受体和配体柔性均考虑的分子对接 所需功能模块：Discovery Studio Visualizer client，DS LibDock，DS Catalyst Conformation，DS CHARMm及DS Protein Refine 所需数据文件：1s1x_prot.dsv和1fk9_lig.sd 所需时间：25min 介绍 ...
解鸿波DiscoveryStudioVisualizer精简教程 PDB:3K9F 工具导航栏 工具栏主窗口 Ctrl+H Ctrl+T 氨基酸残基 氨基酸相应性质 Ctrl+D 编辑原子 线型显示 棍型显示 球棍显示 必须先选择原子 编辑蛋白线型显示棍型显示线型条带 必须先 选择原 子条带 改变背景颜色 ...
Discovery Studio Preparing Receptor Binding Site教程 目的:采用Discovery Studio,以一个蛋白为实例,示范定义受体结合位点的操作过程。 所需功能和模块:Discovery Studio Visualizer client 所需数据文件:1…
目的:采用Libdock,以一组配体及一个明确活性位点的蛋白质为实例,示范分子对接及结果分析的操作过程。 所需功能和模块:Discovery Studio Visualizer client, DS LibDock, DS Catalyst Conformation。 所需数据文件:1kim_prot.dsv和kinase_ligands.sd。 所需时间:15分钟 ...
Discovery Studio Molecular Dynamics教程 Molecular Dynamics – 分子动力学方法 目的：采用Discovery Studio，以一组蛋白-配体复合物为实例，示范分子动力学及结果分析操作过程。所需功能和模块：Discovery Studio Visualizer client, CHARMm, Simulation protocols 所需数据文件：1sem.pdb 所需时间：1小时 介绍 分子动力学...
DiscoveryStudioVisualizer简易教程 DiscoveryStudioVisualizer简易教程Discovery Studio Visualizer精简教程 哈尔滨医科⼤学 解鸿波 PDB: 3K9F ⼯具栏⼯具导航栏 主窗⼝
DS Visualizer 可在官网注册免费下载。 第一步:下载安装文件DSxxxx.bin 这里以我目前下载到的Discovery Studio Visualizer2021为例。 第二步:执行安装(不要以sudo模式运行) ./DSxxxx.bin 注:2017R2之前的版本需要加-console。 这一步可能会报错: “Bundled JRE is not binary compatible with host OS/Arch or ...
在本教程中，我们首先介绍在受体空腔中寻找结合位点的方法。您将使用Discovery Studio Visualizer client打开1kim.pdb文件，将蛋白分子定义为受体。通过Receptor-Ligand Interactions|Define and Edit Binding Site工具，系统将自动识别9个可能的结合位点并显示在图形视图中。每个结合位点由绿色点和红色球体标记，...
了解并掌握Discovery Studio（DS）的基本操作是进行课题研究前的重要准备。本教程旨在介绍DS的使用方法，帮助用户完成分子对接前的受体和配体准备。教程所需工具包括DS的Visualizer客户端，以及准备的数据文件，如mdm_random.sd和1aq1.pdb。整个过程预计耗时30分钟。教程主要分为两部分：小分子配体准备与蛋白...