2.启动tomcat服务 ~/BIOVIA/linux_bin/startserver 在这里插入图片描述 如果使用不受支持的Linux系统,例如ubuntu,arch,则可以通过docker部署。 这里使用Ubuntu20.04为例,只是搭建ds的服务,并不深入探究docker容器。 1.安装docker 参考Ubuntu安装docker官方教程,不再赘述。 2.拉取centos7镜像 sudo docker pull centos:7...
使用这些输入,MSLD方法计算组合库的绑定亲缘性。 在MSLD中,需要两个模拟:单独的多位点配体系统和与蛋白质的复合配体系统。两者都是溶剂化完成热力学循环,这允许计算的相对结合亲和的配体的集合。 本教程涵盖了以下任务: 枚举用于MSLD设置的配体 设置MSLD计算 运行MSLD偏差优化和生产计算(Linux系统环境下) MSLD模拟设置...
Discovery Studio Molecular Dynamics教程 Molecular Dynamics – 分子动力学方法 目的：采用Discovery Studio，以一组蛋白-配体复合物为实例，示范分子动力学及结果分析操作过程。所需功能和模块：Discovery Studio Visualizer client, CHARMm, Simulation protocols 所需数据文件：1sem.pdb 所需时间：1小时 介绍 分子动力学...
1，运行光盘中ds_setup_linux.sh命令 2，把光盘中的SHooTERS文件夹中的msi.dat的license拷贝到License_...
目的:采用Discovery Studio,以一组蛋白-配体复合物为实例,示范分子动力学及结果分析操作过程。 所需功能和模块:Discovery Studio Visualizer client, C
使用Discovery Studio执行分子对接LibDock 分子对接是把配体分子放在受体活性位点位置,找到配体-蛋白之间有利的结合模式。Libdock分子对接速度快,但是精度低,常用于从小分子数据库里筛选出与蛋白活性位点匹配的小分子。Libdock得出的结合模式需由MD模拟或其他方法进一步验证合理性。此外,Libdock得到的配体-蛋白复合物可作为MD...
使用Multi-Site Lambda Dynamics（MSLD）计算自由能教程 目的：通过此教程，了解Discovery Studio中使用Multi-Site Lambda Dynamics（MSLD）计算自由能的操作方法及结果分析。所需功能和模块：Discovery Studio Client、DS Enumerate Ligands for MSLD、DS Set Up MSLD Calculations、DS CHARMm Relative FEP ...
双击图标,启动Discovery Studio,在文件浏览器(Files Explorer)双击打开Smaples | Tutorials | Simulation | 1sem.pdb文件,将蛋白-配体复合物导入3D窗口。(图1) 图1 展开Marcomolecules | Protein Report工具面板,单击Protein Report。 Protein Report是蛋白质结构的重要信息报告。在报告中不仅提供了结晶的分辨率、分子量...
在本教程中，您已经使用了相对炼金术自由能扰动来为后期先导优化的一系列同型配体排序。模拟所需的计算成本限制了该方法的小数据集，但其提供更精确的结合能定量估计的潜力使其成为基于合理结构的药物设计的宝贵工具。9.2 GPU计算。GPU计算目前仅能在Linux系统（DS服务器安装在Linux系统，DS客户端依旧可以安装在...
使用Discovery Studio进行自由能计算教程——Free Energy Perturbation 目的:采用Discovery Studio,以一组小分子化合物为实例,示范FEP计算及结果分析操作过程。 所需功能:Discovery Studio client,DS Preparing analogs and ligand pairs、DS Setting up the relative FEP calculations、DS Running the FEP calculations、DS ...