Discovery Studio Molecular Dynamics教程 Molecular Dynamics – 分子动力学方法 目的：采用Discovery Studio，以一组蛋白-配体复合物为实例，示范分子动力学及结果分析操作过程。所需功能和模块：Discovery Studio Visualizer client, CHARMm, Simulation protocols 所需数据文件：1sem.pdb 所需时间：1小时 介绍 分子动力学...
这对初级分子动力学模拟者而言是非常困难的(模拟者不仅需要掌握分子动力学软件的使用命令,还需要掌握操作系统相关的命令)。为了解决这样的问题,Discovery Studio为用户提供了基于窗口的分子动力学模拟工具。使用DS,用户可以轻松的完成分子动力学的整个模拟过程(包括体系的准备、模拟过程的设置及结果的分析)。另外考虑到初级...
这对初级分子动力学模拟者而言是非常困难的(模拟者不仅需要掌握分子动力学软件的使用命令,还需要掌握操作系统相关的命令)。为了解决这样的问题,Discovery Studio为用户提供了基于窗口的分子动力学模拟工具。使用DS,用户可以轻松的完成分子动力学的整个模拟过程(包括体系的准备、模拟过程的设置及结果的分析)。另外考虑到初级...
5 生产动力学模拟: 使用"Production"协议对平衡后的体系进行生产动力学模拟。 设置模拟时间、时间步长和轨迹保存频率。 选择合适的系综(如NVT或NPT)和温度、压力控制方法。 指定约束条件,如SHAKE算法用于约束键长。 6 轨迹分析: 使用Discovery Studio的分析工具对生产动力学模拟的轨迹进行分析。 计算诸如均方根偏差(RMS...
Discovery Studio “小灶”课程第5期:轻松使用分子动力学模拟(二) 5776 7 25:50 App Discovery Studio进行分子动力学模拟随谈 1646 0 02:27 App Discovery Studio | MMPBSA计算分子动力学轨迹结合能 1025 0 09:32 App Discovery Studio模拟技术应用——基于配体的虚拟筛选 742 1 10:19 App Discovery Studio软件...
目的:采用Discovery Studio,以一组蛋白-配体复合物为实例,示范分子动力学及结果分析操作过程。 所需功能和模块:Discovery Studio Visualizer client, C
首先，对初始结构进行预处理以消除缺陷，然后定义参数并设置模拟过程。最终，结果需要通过其他软件进行分析。初级分子动力学模拟者往往面临软件使用命令和操作系统命令不熟悉的挑战。为解决这一问题，Discovery Studio提供了基于窗口的MD模拟工具，允许用户轻松完成从准备体系到结果分析的整个模拟流程。Discovery ...
10月15日线上直播,介绍Discovery Studio在分子动力学模拟相关的基本概念、功能和在软件操作层面的一般步骤和结果分析。 在小分子的药物设计过程中,Discovery Studio从靶标3D结构或者配体结构出发,提供了一套丰富的工具来帮助筛选先导化合物候选分子,显著加快小分子药物研发速度、降低研发成本,也可以将虚拟计算的成果快速发...
本教程主要包括以下步骤：制备类似物和配体对 建立相对FEP计算 运行FEP计算 整理和分析FEP结果 一、制备类似物和配体对 FEP动力学模拟需要所有感兴趣的配体定位在蛋白质活性位点上。在第一步中，您将使用生成模拟构象协议将您的配体与蛋白质活性位点中的先导配体对齐。该协议通过最大公共子结构(MCS)方法检测每个模拟物...
随后Hypo 1被进一步用于筛选三个小分子数据库以及基于先导化合物1FN通过骨架跃迁策略产生的配体数据库。虚拟筛选得到的8个候选分子,进一步通过分子对接验证。分子对接获得的蛋白配体复合物,再进行分子动力学模拟,结果表明,除了CBG98066,剩余七个小分子都具有良好的抑制c-Met潜力,值得进一步的生物活性评估。