标准的分子动力学模拟流程 动力学模拟结果的轨迹分析 准备分子动力学体系,执行分子动力学计算 蛋白结构预处理 双击图标,启动Discovery Studio,在文件浏览器(Files Explorer)双击打开Smaples | Tutorials | Simulation | 1sem.pdb文件,将蛋白-配体复合物导入3D窗口。(图1) 图1 展开Marcomolecules | Protein Report工具...
程序运行结束后,双击左下角Jobs浏览器中的任务名称打开结果,在打开的结果窗口讲最右边的条形块滑至最下端,然后点击页面中的Output Molecule Without Conformations链接,程序会打开平衡之后的带溶剂的复合物,用于接下来的拉伸动力学模拟。 2 建立并运行拉伸动力学模拟 SMD 程序要求通过选择的一对原子来指定拉伸的方向。在...
所需功能和模块：Discovery Studio Visualizer client, CHARMm, Simulation protocols 所需数据文件：1sem.pdb 所需时间：1小时 介绍 分子动力学(Molecular Dynamics, MD)是分子模拟中最常用的方法之一。该方法基于分子力场，能够动态的描述分子的运动状况，继而描述生命的动态过程。分子动力学在生命科学领域中的应用非常...
启动Discovery Studio，导入蛋白-配体复合物，查看蛋白质结构报告，识别并保留适合的蛋白亚基。修改显示样式，以线状表示蛋白质，球棍状表示小分子。根据Isotropic displacement值识别原子位置的不确定性，对比两个蛋白链，选择C、D链进行后续模拟。利用层级窗口删除不保留的链。使用Discovery Studio准备工具对蛋...
在文件浏览器(Files Explorer)中,展开Samples | Tutorials | Protein Modeling文件夹,双击2ptn.pdb文件。DS将在一个新的3D窗口中打开该蛋白。 在同一文件夹中,将2sta_I.pdb拖至上述同一分子窗口(2ptn分子窗口)中。(图1) 图1 2ptn分子窗口 蛋白-蛋白对接(ZDOCK) ...
使用Discovery Studio进行自由能计算教程——Free Energy Perturbation 目的:采用Discovery Studio,以一组小分子化合物为实例,示范FEP计算及结果分析操作过程。 所需功能:Discovery Studio client,DS Preparing analogs and ligand pairs、DS Setting up the relative FEP calculations、DS Running the FEP calculations、DS ...
Discovery Studio MMPs教程(一)MMPs - Matched Molecular Pairs所需功能和模块:Discovery Studio Client, DS QSAR.所需数据文件:bindingdb_cdk2.sd.所需时间:20分钟介绍构效关系(SAR)在药物化学中的应用是非常广泛的,主要… 阅读全文 Discovery Studio官方教程(Help-Tutorials) 分子动力学模拟 ...
Discovery Studio官方教程(Help-Tutorials) 分子动力学模拟 东方科软 已认证账号 Molecular Dynamics– 分子动力学方法目的:采用Discovery Studio,以一组蛋白-配体复合物为实例,示范分子动力学及结果分析操作过程。所需功能和模块:Discovery… 阅读全文 ...
Discovery Studio官方教程(Help-Tutorials)| LibDock介绍和教程 Libdock – 最快的分子对接技术目的:采用Libdock,以一组配体及一个明确活性位点的蛋白质为实例,示范分子对接及结果分析的操作过程。所需功能和模块:Discovery Studio Visualizer client, DS LibDock, DS Catalyst Conformation。所需数据文件:1… ...
Discovery Studio官方教程(Help-Tutorials) 药物毒理学性质预测及结果分析 使用Discovery Studio进行化合物毒理性质预测(TOPKAT)教程目的:采用Discovery Studio,以一组小分子化合物为实例,示范毒理学性质预测及结果分析操作过程。所需功能和模块:Discovery Studio Visualizer client和DS TOPKAT。所需数据文件:1fvv_li… ...