In addition to building up potential energy models, DeePMD-kit can also be used to build up coarse-grained models. In these models, the quantity that we want to parameterize is the free energy, or the coarse-grained potential, of the coarse-grained particles. See theDeePCG paperfor more de...
需要先进入DeePMD环境:module avail查看可用软件列表(确定DeePMD-kit版本),module load anaconda3 进入python环境,conda activate deepmd-2.2.9-gpu 进入DeePMD-kit环境(这里要注意与module avail查看的名称一致,否则计算报错)。然后进行数据转换:在终端输入 python3 回车、import dpdata 回车、data=dpdata.LabeledSystem('...
DeePMD-kit是一个强大的开源软件包,它使用被称为深度势能模型(DeepPotential,简称DP)的机器学习势能(MLP)来促进分子动力学模拟。该软件包于2017年发布,并广泛应用于物理学、化学、生物学和材料科学领域,用于研究原子尺度体系。DeePMD-kit的当前版本提供了许多先进功能,如DeepPot-SE模型、基于注意力机制的描述符、混合...
DeepModeling社区的教程:DeePMD-kit’s documentation — DeePMD-kit documentation (deepmodeling.com) 介绍视频(蔻享):王啸洋:A tutorial introduction to DeePMD-kit (koushare.com) DeePMD-kit的安装 Anaconda的安装 在Linux服务器上使用任何Python为基础的程序包都建议在Anaconda的基础上进行,包括DeePMD-kit,DP-GEN...
DeepMD-kit 是一款基于深度学习的分子动力学模拟软件，可在 Windows 系统安装使用。首先需确保电脑安装 Python 环境，然后通过 Python 包管理工具 pip，在命令行中输入 “pip install deepmd-kit” 进行安装。安装完成后，可在 Python 脚本中导入 DeepMD-kit 库，调用其功能进行分子动力学模拟相关计算。&#...
DeePMD-kit和DP-Gen安装啦啦黑还黑 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多 1.3万 15 56:14 App DP-GEN machine.json输入文件配置 10.3万 35 01:37 App 将军:我看DeepSeek是相思了 120.7万 808 01:53 百万播放 App 当我问Deepseek要核弹发射密码,结果... 1.1万 2 31:54 App GPU超算上...
一旦conda成功安装，打开.bashrc文件，并在其中添加如下环境变量（请将"sunny"替换为您的用户名）：执行source命令以使环境变量生效，您可以通过运行以下命令测试conda的安装状态：如果返回了conda版本号，表示已成功安装conda，接下来可以进行DeepMD-kit的安装。DeepMD-kit提供了针对CPU和GPU的两个版本，您可以...
工欲善其事,必先利其器。距离上一篇《5分钟内完成DeePMD-kit的安装》已过去两年时间,DeePMD-kit的安装又取得了一些新的进展,在此分享如下,也希望能够给其它科学计算软件提供一些借鉴。 pip安装LAMMPS接口、提供更多平台的轮子 近年来,Python社区的打包工程取得了重大进展,PEP-517、PEP-518、PEP-621等一系列规范先后...
01.train: 包含使用 DeePMD-kit 训练模型的示例脚本, 02.lmp: 包含用于分子动力学模拟的 LAMMPS 示例脚本。 (2)转换数据格式 利用dpdata进行数据格式转换,将OUTCAR格式转换为DeePMD-kit 的压缩格式 将以下命令复制到一个新的python脚本中:vi trans.py(我这里叫做trans.py),并将脚本放入00.data文件夹中,运行pytho...
在DeePMD-kit的发展历程中，安装难题曾是新手们的噩梦。2019年，开发者通过一系列优化，将安装流程大大简化。首先，v1版本引入Python接口与C++接口的解耦，通过`pip`一键安装，用户只需预先安装scikit-build和cmake，然后调用`dp -h`即可使用Python接口。然而，遇到PEP-518的包隔离问题后，开发者通过trick...