DeePMD-kit是一个开源软件包,用于利用神经网络势能进行分子动力学(MD)模拟。该软件包于2017年首次发布^{29} ,自那以后经历了快速发展,并得到了许多开发者的贡献。DeePMD-kit实现了一系列被称为深度势能(DP)模型的MLP模型^{9,10,51-54} ,已被广泛应用于物理学、化学、生物学和材料科学等领域,用于研究各种原子...
DeepModeling社区的教程:DeePMD-kit’s documentation — DeePMD-kit documentation (deepmodeling.com) 介绍视频(蔻享):王啸洋:A tutorial introduction to DeePMD-kit (koushare.com) DeePMD-kit的安装 Anaconda的安装 在Linux服务器上使用任何Python为基础的程序包都建议在Anaconda的基础上进行,包括DeePMD-kit,DP-GEN...
需要先进入DeePMD环境:module avail查看可用软件列表(确定DeePMD-kit版本),module load anaconda3 进入python环境,conda activate deepmd-2.2.9-gpu 进入DeePMD-kit环境(这里要注意与module avail查看的名称一致,否则计算报错)。然后进行数据转换:在终端输入 python3 回车、import dpdata 回车、data=dpdata.LabeledSystem('...
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX后面是指定安装位置,安装前注意安装位置,别安装到系统环境里面去了,不然后期升级DeePMD-kit的版本都不好升级。 make && make install make lammps 这时候目录下会有一个USER-DEEPMD,将这个文件夹cp到lammps的src目录下。 Lammps编译 cp /xx/lammps-29Aug2024/lib/gpu vim Makefile.mpi 如...
deepmodeling/deepmd-kit 代码Issues5统计流水线 服务 加入Gitee 与超过 1200万 开发者一起发现、参与优秀开源项目,私有仓库也完全免费 :) 免费加入 已有帐号?立即登录 master 分支(25) 标签(77) 管理 管理 master dpa3-alpha devel r3.0 r2 gh-readonly-queue/devel/pr-4286-ff04d8bdafa0985c83a9c2418b91466...
@曾晋哲总结了直接使用DeePMD-kit完成的工作：https://deepmodeling.com/blog/papers/deepmd-kit/和直接...
幸运的是，DeePMD-kit 同时支持对 global label、atomic label 的拟合，也支持对多个 label 类型不同的体系同时拟合。类似于ener模式，我们需要提供coord.raw，type.raw，box.raw。此外，我们还需要根据拟合的 tensor 类型和该系统的 label 类型，提供dipole.raw或是atomic_dipole.raw（类似的，提供polarizability.raw...
DeepMD-kit软件在科研领域的应用颇为广泛，以化学科学为例，它在探索物质性质和结构方面展现出独特优势。一项研究中，DeepMD-kit结合AIMD技术，对TiO2-H2O界面进行了模拟，揭示了该界面在光催化水全解、UV诱导亲水性、TiO2生物活性等领域的关键作用。传统ab initio分子动力学技术在模拟固液界面时受到计算性能...
在json文件中，修改fitting_net的type字段为dipole或polar，根据数据类型选择atomic_前缀。训练时，数据集准备就绪后即可进行。tensor模式的网络架构与ener模式不同，后者考虑能量、力和体积的有监督拟合，而tensor模式仅关注对Tensor标签的拟合。DeePMD-kit通过在embedding网络保持不变的情况下调整fitting network...
DeePMD-kit是一种基于机器学习的分子动力学模拟方法,该方法是通过使用从头计算得到的数据对深度神经网络模型进行训练,从而得到通用的多体势能模型(DP模型)。由于其是基于第一性原理,而具有媲美量子力学的精度。其计算效率高,比第一性原理计算至少快5个数量级。目前DP模型已成功应用于水和含水体系,金属和合金,高熵陶...