script表示执行什么脚本可以构建程序,之前笔者介绍过,deepmd-kit 的 python 包可以用pip直接安装: pip install git+htts://github.com/deepmodeling/deepmd-kit 这里正是用pip直接从源代码安装。将skip设为true,又在后面设置了若干条件语句,表示在这些情况下跳过构建。例如,我们目前之构建 Linux 环境下的程序,当 CUD...
tar -zxvf automake-1.14.tar.gzcdautomake-1.14./bootstrap.sh#指定一个安装目录,比如${DeePMDkitHOME}/pre-tools/automake./configure --prefix=${DeePMDkitHOME}/pre-tools/automakemake && make install#加入环境变量exportPATH=${DeePMDkitHOME}/pre-tools/automake/bin:$PATHcd../ tar -zxvf libtool-2.4....
接下来安装tensorflow c++接口,有两种安装方式,建议使用脚本$deepmd_source_dir/source/install/build_tf.py来安装,注意如果要使用cuda,需要在执行脚本时添加选项--cuda: cd /root/deepmd-kit/source/install ./build_tf.py --prefix=/root/tf_cpp/ --cuda 脚本还有其它编译选项,都写在源码里。 执行该脚本时会...
deepmdkit 源码安装 和lammps接口 其实直接用conda也能配置好环境,conda create -n deepmd deepmd-kit=...
1 、工作下载DeePMD-kit的源代码,完成编译和安装。然后在给定的系统上训练三种模型,使它们的基线(baseline)被分别优化。 2、深入研究DeePMD-kit 训练部分代码的实现,并对其进行改进,以加快gpu上的训练过程。 3 、对改进进行分析,提交修改后的代码,并提供详细的报告,包括对DeePMD-kit的了解,具体的优化方法和改进。
DeePMD-kit About DeePMD-kit DeePMD-kit is a package written in Python/C++, designed to minimize the effort required to build deep learning-based model of interatomic potential energy and force field and to perform molecular dynamics (MD). This brings new hopes to addressing the accuracy-versus-...
第一道槛是DeepMD-kit和DP-GEN的安装。由于课题组租用的超算服务器是不联外网的,安装软件很不方便。好在前者提供了离线安装包,但后者好像最初是没有离线安装包的,自己是找人环境移植实现安装的。对于没有编程经验的我来说,过程确实让人心力憔悴。不过感谢开发者的努力,不久前推出了DP-GEN和dpdata的离线安装包...
总结起来,过程中遇到的问题包括软件的安装与使用、构型的采样、势函数的验证等等。说实话,对于新手来说门槛不低,为了能捣鼓起来,我瞎折腾了几乎一整个寒假。 第一道槛是DeepMD-kit和DP-GEN的安装。由于课题组租用的超算服务器是不联外网的,安装软件很不方便。好在前者提供了离线安装包,但后者好像最初是没有离线安...
一周前我们分享了在Ubuntu下在线安装DeepMD-kit,但是有一些服务器或者集群是无法连接外网的,因此很有必要掌握离线安装DeePMD-kit的方法。本课题组的集群装的Centos7系统,离线,GCC版本是4.8.5。 主要参考资料[安装deepmd]和[源码安装TensorFlow] https://blog.csdn.net/xszyqbr/article/details/82961934 ...