DeePMD-kit v1.x 的描述子仅支持两体嵌入,虽然在环境矩阵中已经包括了构型多体相关性的的描述,但是这个描述仍然是不完备的。在绝大多数应用中这种不完备性不会导致模型精度不足,但我们仍然发现在少数极端情况下两体嵌入的深度势能模型无法满足用户需求,因此在DeePMD-kit v2.0.0中加入了三体嵌入,更加完备地描述每个...
此外,我们对每个平台只构建一个轮子,避免对每个Python版本进行构建,因为DeePMD-kit仅链接TensorFlow,不会影响二进制库。进一步,我们构建了LAMMPS的pypi轮子,作为DeePMD-kit的可选依赖,并通过entry points提供了CLI和plugin的入口。在加载plugin时,自动将DeePMD-kit的plugin加载到LD_LIBRARY_PATH等环境变量...
近日,DeePMD-kit v3的首个alpha版本(v3.0.0a0)发布,支持在 TensorFlow 或 PyTorch 等后端框架展开训练,并支持DPA-2等大原子模型(LAM)。随着新学期的到来,为了帮助更多国内外新人用户快速上手使用 DeePMD-kit 软件,我们更新了「快速开始 DeePMD-kit」教程,助力大家以 Bohrium Notebook 形式在云端动手实战。我们将在...
DeePMD-kit v2.0.0的模型压缩接口进行了简化,用户可以直接通过命令进行操作,无需显式指定训练脚本。同时,自定义算子支持在GPU环境中运行,进一步提升了运算效率。
cd 到您选择的目录,并运行以下命令安装conda:一旦conda成功安装,打开.bashrc文件,并在其中添加如下环境变量(请将"sunny"替换为您的用户名):执行source命令以使环境变量生效,您可以通过运行以下命令测试conda的安装状态:如果返回了conda版本号,表示已成功安装conda,接下来可以进行DeepMD-kit的安装。
一周前我们分享了在Ubuntu下在线安装DeepMD-kit,但是有一些服务器或者集群是无法连接外网的,因此很有必要掌握离线安装DeePMD-kit的方法。本课题组的集群装的Centos7系统,离线,GCC版本是4.8.5。 主要参考资料[安装deepmd]和[源码安装TensorFlow] https://blog.csdn.net/xszyqbr/article/details/82961934 ...
接口主要贡献者为Timothy J. Giese,预计随AmberTools24正式发布。通过CMake编译,启用DeePMD-kit,运行sander时在mdin文件中启用DPRc。CP2K是材料体系的第一性原理计算和模拟软件,总引用量超过4000次。本次新增的接口使CP2K能基于DP模型运行MD模拟。接口主要贡献者为Yunpei Liu,预计随CP2K 2024.2版本...
首先,确保你已经在Linux系统(我使用的是Mac终端)上做好准备。DeePMD-kit提供了离线、conda和docker三种安装方式,这里我将重点介绍使用conda安装。推荐使用Miniconda,因为它的安装过程相对简单。从Miniconda官网下载适用于MacOS的bash版本安装包,然后在终端运行下载的安装程序。安装过程中,会询问你是否接受...
用户可以按照说明书安装Python接口和C++接口,手动安装DeePMD-KIT的难度相对较大。将DeePMD-KIT与LAMMPS、i-PI或GROMACS配合使用时,C++接口是必需的。有三种安装模式可以选择:离线安装、conda安装、docker安装。 一、conda安装 安装CPU版本的DeePMD-kit和LAMMPS: ...
官方提供了多种安装deepmdkit的方法,包括离线安装、通过conda以及Docker。由于conda允许直接创建虚拟环境,它在推荐的安装方式中占据一席之地。对于CPU版本的安装,通常较为顺利,因为不会涉及到CUDA相关的复杂性。然而,如果需要GPU版本并且机器之前安装过其他deepmdkit版本,且是CPU机器,可能会遇到版本冲突的...