虽然磁珠可以吸附Halo Tag-TF2单体,但在没有结合DNA的情况下,将检测不到它们的峰值;(b)通过DAP-seq和dDAP-seq检测到的所有C/S1 bZIPs的峰数量;(c)C/S1 bZIPs同源二聚体和异源二聚体在已知靶基因ASN1(AT3G47340)上的DAP-seq和dDAP-seq结合图谱;(d)比较S1同源二聚体、S1:C异源二聚体和A组、B组、D...
2)DAP-seq研究:利用DAP-seq分析结果,获得上游转录调控因子信息。 3)转录组 + DAP-seq关联:探究目标转录因子对差异基因的调控网络关系,可进一步提升研究深度。通过转录组和DAP-seq分析结果关联,可以获得目标蛋白在全基因组水平上的结合热点(peak 区域),以及实验前后样本转录水平的变化值(差异表达基因),再通过联合定义...
TF 蛋白在体外无法正常工作,可能是因为缺乏必要的配体蛋白协助或蛋白质无法正确折叠形成活性结构,针对这一问题,可以通过筛选或工程改造 TF 蛋白,以提高其在体外环境下的稳定性与功能性 体外实验的局限性,无法研究核小体和组蛋白修饰的影响,由于核小体在体外容易解离,DAP-seq 技术无法有效检测到这些结构对 TF 结合的...
DAP-seq 是用来揭示基因组范围内某个蛋白质(通常是转录因子)的结合位点,进而预测下游的靶基因,而且不需要抗体,也不限物种,尤其适用于植物领域的研究;ChIP-seq如上所述,是一种常见的用来发现转录因子结合位点的方法,但是,它有很强的局限性,例如:它很强地依赖于抗体的质量, 并且对发现的低表达的蛋白有很大挑战。
DNA亲和纯化测序(DAP-seq,DNA Affinity Purification sequencing),通过体外构建表达转录因子(TF,Transcription Factor)蛋白,与目标基因组片段结合,针对把目的蛋白所结合的基因组DNA片段进行富集。通过与高通量测序技术的结合,对DAP后的DNA产物进行测序分析,从全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点,以高效率的测序手段得到...
DAP-seq和ChIP-seq的区别：AP-seq的优势：不需要针对每个转录因子制备特异性抗体，快速、高通量、节约时间成本。11. DAP-seq用的input是什么，为什么选这个作为对照呢？Input对照是用的亲和纯化前的文库，目的是降低背景噪音，我们用的Input和2016年发表在Cell（DAP Seq-Cistrome and Epicistrome Features ...
DAP-Seq是将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合,使用体外表达的TF蛋白对裸露的全基因组DNA片段进行孵育,以确定结合序列。 通过提取基因组DNA,进行基因组DNA文库构建。随后利用HaloTag载体,将目的蛋白与HaloTag融合表达,将纯化的融合蛋白与基因组文库进行孵育,利用目的蛋白结合DNA片段,并且利用HaloTag特异性磁珠,将...
DAP-seq:(DNA affinity purification sequencing) 是一种高通量TF结合位点发现方法，用体外表达的TFS来询问基因组DNA 在全基因组水平，检测某个DNA结合蛋白的分布。是ChIP-seq的一种替代方案，在体外重组表达转录因子蛋白，与基因组DNA相互作用，对与重组蛋白结合的DNA测序，分析获得蛋白结合的基因位置，以及...
3. DAP-seq信号分析：分析序列比对结果，检测DAP-seq信号，评估其丰度和定位精度。4. 差异表达分析：比较不同样本之间的DAP-seq信号，筛选差异表达的基因或位点。5. 生物信息学分析：利用生物信息学方法，对差异表达基因或位点进行功能注释和路径分析，挖掘其生物学意义。五、结果解读与报告撰写1. 结果解读：对数据...