这说明在种子发育过程中VvERF98是VvMADS28上游的一个转录调控因子,且可以响应乙烯信号。 图4. DAP-seq分析葡萄VvMADS28的结合基序及其潜在靶基因 采用DAP-seq技术鉴定了VvMADS28最显著富集的结合基序为CArG [序列是CC(A/T)6/8GG],并筛选到4个与胚珠发育相关的潜在靶基因(WUSCHEL-related homeobox 1、HAIKU、DA...
AP-seq的优势:不需要针对每个转录因子制备特异性抗体,快速、高通量、节约时间成本。 11. DAP-seq用的input是什么,为什么选这个作为对照呢? Input对照是用的亲和纯化前的文库,目的是降低背景噪音,我们用的Input和2016年发表在Cell(DAP Seq-Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape)上的...
这说明在种子发育过程中VvERF98是VvMADS28上游的一个转录调控因子,且可以响应乙烯信号。 图4. DAP-seq分析葡萄VvMADS28的结合基序及其潜在靶基因 采用DAP-seq技术鉴定了VvMADS28最显著富集的结合基序为CArG [序列是CC(A/T)6/8GG],并筛选到4个与胚珠发育相关的潜在靶基因(WUSCHEL-related homeobox 1、HAIKU、DA...
DAP-seq的优势:不需要针对每个转录因子制备特异性抗体,快速、高通量、节约时间成本。 11. DAP-seq用的input是什么,为什么选这个作为对照呢? Input对照是用的亲和纯化前的文库,目的是降低背景噪音,我们用的Input和2016年发表在Cell(DAP Seq-Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape)上的...
采用DAP-seq分析可视化观察到在Bcc29的启动子区域存在较强的BcERF070结合峰,以及在BcBBX29的启动子上可能存在结合区域。Y1H、Dual-LUC报告实验、EMSA实验进一步验证了BcERF070与BcBBX29启动子结合并激活其表达。与对照株系相比,BcBBX29沉默株系的开花时间更早、莲座叶更少、BcFT表达更强。在过表达BcBBX29的拟南芥...
采用DAP-seq分析可视化观察到在Bcc29的启动子区域存在较强的BcERF070结合峰,以及在BcBBX29的启动子上可能存在结合区域。Y1H、Dual-LUC报告实验、EMSA实验进一步验证了BcERF070与BcBBX29启动子结合并激活其表达。与对照株系相比,BcBBX29沉默株系的开花时间更早、莲座叶更少、BcFT表达更强。在过表达BcBBX29的拟南芥...
DAP-seq的优势:不需要针对每个转录因子制备特异性抗体,快速、高通量、节约时间成本。 11. DAP-seq用的input是什么,为什么选这个作为对照呢? Input对照是用的亲和纯化前的文库,目的是降低背景噪音,我们用的Input和2016年发表在Cell(DAP Seq-Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape)上的...
在基因组浏览器(如Integrative Genomics Viewer31)中检查映射读取和峰值文件(BED或窄峰格式),并将峰值与阴性对照样本进行比较。成功的DAP-seq实验通常会产生5%的波峰读数,并在背景中产生大量富集的波峰。如模因基序发现软件(http://meme-suite.org/)所产生的丰富基序可以与已知tf结合位点的综合数据库中的基序进行比较...
DAP-SEQ技术简介 DAP-SEQ是基于DNA亲和纯化,通过体外表达转录因子鉴定TFBS的技术,具有不受抗体和物种限制,且高通量的优势,自该技术问世以来,已被广泛应用于转录调控和表观组学的研究。 那么关于DAP-SEQ都有哪些问题需要关注呢? 1. DAP-seq原理、技术流程,能解决什么样的问题?
DAP-seq实验中,我们一般会把库分成三份,其中一份空白库作为对照组,也就是input组,另外的两份会分别跟转录因子的融合蛋白进行结合实验,结合下来的产物建库测序,最终拿到的数据应该是三组数据。我们认为:只有在两个重复的样品中都能检测到的片段才是有效的片段,同时,这个有效的片段的峰值应该比input组上面的峰值高两...