(c)在玉米原生质体中瞬时表达ZmGI2-GFP融合蛋白的核定位;(d)ZmGI2的两个结合基序;(e)两个生物学重复的结合峰数量;(f)ZmGI2结合位点在玉米基因组中的分布;(g)DAP-seq和RNA-seq结果之间的重叠基因;(h)EMSA结果证实ZmGI2与GGTAAACAAGGTA和AGTTGTAG体外结合。综上所述,作者绘制了ZmGI2调控开...
备注:理论上植物转录因子都可以做DAP-seq,非植物样本理论上可行,但由于DAP是植物的表达系统,无法保证后续结果。另外,非转录因子的蛋白做不了可行性分析,也不保证后续结果。 2. 具体步骤 主要步骤包括DNA文库构建、蛋白表达、蛋白与文库的结合反应、文库PCR加接头及定量检测、上机测序、生信分析等。 (1)组织材料的全...
(c) RNA-seq分析CQ01和B73的中脉,鉴定了DEGs富集的前20个代谢途径。(d) RNA-seq分析野生型和过表达ZmR1CQ01的京724的叶片,鉴定了DEGs富集的前20个代谢途径。 DNA亲和纯化测序(DAP-seq)结果显示,ZmR1CQ01靶向了1010个基因,其中包括花青素合成途径中的Bz2。RNA-seq分析显示,ZmR1CQ01靶向的55个基因的表达水平...
DNA亲和纯化测序(DAP-seq)是一种通过分析基因组DNA与体外表达的转录因子的结合来筛选转录因子结合位点的高通量方法。与染色质免疫沉淀(ChIP-seq)相比,具有具有不受抗体和物种限制的优点,是一种高通量方法。因此,作者使用DAP-seq来揭示MdBPC2的全基因组结合位点,分离所有MdBPC2结合DNA进行高通量测序分析。“GAGAGAGAGAG...
4. 通过DAP-seq分析在基因组水平上鉴定PIF3和PIF5转录因子在DNA上的结合位点 已经有多项研究,使用ChIP-seq,对PIFs转录因子在基因组水平的结合位点进行了鉴定,但是ChIP-seq方法受限于特异性抗体的质量,并且操作复杂,实验难度大。本研究使用了一种新的方法:DAP-seq(DNA亲和纯化测序)对PIF3和PIF5在基因组上结合位点...
DAP-seq分析发现在GhLBD18启动子中存在MYB转录因子结合位点。Y1H和EMSA实验验证了GhMYB44与GhLBD18启动子的直接结合。瞬时基因表达分析表明GhMYB44通过直接结合GhLBD18的启动子序列抑制其表达。以上结果表明,GhMYC3除了通过与GhLBD18启动子特定位点结合直接激活GhLBD18的表达外,还通过GhMYB44-GhLBD18转录级联信号间接...
DAP-SEQ分析结果包括哪些内容? 蓝景科信DAP-seq的生信分析包括以下内容: 1.对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理 2.数据产出统计 3.参考序列比对分析 4.测序reads富集区域扫描(peak calling) 5.Peak长度分布统计 6.Peak在基因功能元件上的分布统计 ...
该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了葡萄中一个MADS-box转录因子的结合基序及其靶基因,揭示了VvMADS28参与葡萄胚珠和种子发育的调控机制,为培育无籽葡萄新品种奠定了理论基础。 MADS-box基因编码高等植物中的一大类转录因子,并在植物发育过程中发挥各种作用,包括花、果实和种子发育。MADS结构域蛋白通常以同...
为探究GhbHLH12抑制棉花Cd2+耐受性的机制,作者对WT幼苗进行了RNA-seq和DAP-seq联合分析。DAP-seq结果显示GhbHLH12在GhMYB44的启动子区域有显著富集,而后,Y1H和EMSA实验证实了GhbHLH12蛋白和GhMYB44的结合基序G-box相互作用。LUC/REN报告实验表明GhbHLH12抑制GhMYB44的转录,而GhRCD1可以减弱GhbHLH12对GhMYB44的抑...