DAP-seq分析结果还检测到6507个特有基因的启动子区域中47923个motif序列,其中SlBEL11最显著的结合motif是“TYTTTTTCTTTYT”。 03 转录组+DAP-seq关联 为了进一步确定SlBEL11调控的具体靶基因,将DAP-seq数据与转录组分析结合分析发现,SIBEL11-RNAi敲除株中与SlBEL11结合的有556个上调基因和302个下调基因,这些重叠基...
1.从基因角度出发 在“03.peak/01.peak_annotation”表格中记录着peak的详细信息,包括:在染色体上具体位置、长度、峰顶所在染色体的位置、显著性、富集倍数、落在某个基因的哪个位置、统计距离最近基因以及这些基因的在不同数据库的注释结果。 如果前期做过其它实验或者通过文献查找已经有了关注基因,那么直接搜索基因id...
在植物中，由于转录因子特异性抗体制备较为缺乏，并且ChIP-seq实验需要107个细胞的样本，因此，在进行ChIP-seq实验之前，需要获得转录因子融合标签蛋白的稳定遗传转化植株，再利用标签抗体进行免疫沉淀，从而解决较难获得植物蛋白特异性抗体和ChIP-seq所需样本量多的问题。但这样就导致ChIP-seq实验周期较长，并且ChIP-seq...
作者开发了一种改进的DAP-seq方法(seq-DAP-seq)(图6A),并利用该方法研究了SEP3同源二聚体、SEP3-AG异源二聚体和SEP3Δtet-AG异源四聚体在全基因组范围内的结合情况
与ChIP-seq相比,CUT&Tag处理流程更快、分辨率更高、背景信号更低、所需的样本量更少。但是,CUT&Tag技术也需要获得稳定的遗传转化植株,因此不适用于一些没有稳定遗传转化体系的物种。除此之外,基于原生质体体系的CUT&Tag技术(pCUT&Tag)不需要转基因,可以节约样品准备周期和建库成本,且与ChIP-seq数据相比具有更高的...
数据预处理:去接头序列、污染序列、低质量碱基,获得clean data序列,并进行相关数据统计; 第二部分 参考基因组比对:将clean data定位到参考基因组上,得到bam文件,并去除重复序列,保留唯一比对的序列; 第三部分 call peak: 将bam文件进行Peak检测,得到富集区域的信息,并进行Peak在基因功能元件的分布,最近基因寻找及moti...
DAP-seq实验原理 体外表达的蛋白和DNA进行亲和纯化，将与蛋白结合的DNA洗脱后进行高通量测序。其基本过程是将编码转录因子的CDS序列构建到含有亲和标签（Halo-Tag）的载体中，构建蛋白表达载体，进行体外蛋白表达，形成转录因子和亲和标签的融合蛋白；提取样品的基因组DNA，构建DNA文库，然后将体外表达的带有亲和标签的转录...
转录组+DAP-seq关联 为了进一步研究CsWRKY33调控的潜在靶基因的表达情况,将DAP-seq数据与转录组分析结合筛选出485个潜在靶基因,包括250个上调差异基因和235个下调差异基因,这些潜在靶基因在苯丙氨酸生物合成代谢途径和MAPK信号通路代谢途径中均显著富集,此结果说明可能各种基因之间存在相互作用,因为植物抗病反应过程是一个...
DNA亲和纯化测序(DNA Affinity Purification sequencing,DAP-seq)方法,成功将体内结合实验转移到体外,解决了ChIP抗体制备的困扰,极大的提高转录因子结合位点(TFBS)发现的效率。。