ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区并...
该研究综合ChIP-seq、DAP-seq、RNA-seq和EMSA等技术发现转录因子MeGI主要通过调节昼夜节律、水杨酸生物合成和类黄酮生物合成途径中的基因来调控油柿的性别控制功能。爱基百客为该研究提供ChIP-seq的技术支持。 研究背景 雌雄异株系统是维持遗传多样性的重要策略。转录因子 MeGI 通过促进君迁子(Diospyros lotus)和柿(D....
DAP-seq是研究在体外状态下蛋白质-DNA互作的技术;ChIP-seq是研究在体内自然状态下蛋白质-DNA互作的技术。 DAP-seq 是用来揭示基因组范围内某个蛋白质(通常是转录因子)的结合位点,进而预测下游的靶基因,而且不需要抗体,也不限物种,尤其适用于植物领域的研究;ChIP-seq如上所述,是一种常见的用来发现转录因子结合位点...
在根据TFBS对转录因子进行研究时,通常是利用Chip-seq去挖掘TFBS和相关靶基因,但是由于抗体的限制,Chip-seq无法在非模式生物中很好地发挥作用。这个时候,另一种检测技术则成了非模式生物TFBS研究的首选,那就是——DAP-seq。在实际研究中,通常会在使用DAP-seq的同时,增加一个转录组检测,形成转录组+DAP-seq多组学关联...
首先作者利用RNA-seq和ChIP-seq数据联合分析,鉴定出368个基因,包括149个上调基因和219个下调基因。KDA分析结果显示,TOC1、FKF1、PRR5、ELF4、BBX13和MEE14等基因是149个上调基因的关键驱动基因(图7B),其中TOC1、FKF1、PRR5、ELF4和BBX13与昼夜节律通路有关;ACS6、WRKY40和BCS1等基因是219个下调基因的关键驱...
1)ATAC-seq研究:利用ATAC-seq分析结果,当候选转录因子的结合位点序列(motif)已知时,可以获得目标转录因子开放染色质区域对下游基因表达的调控作用,且可以同时检测核小体的转录调控效应。 2)DAP-seq研究:利用DAP-seq分析结果,获得上游转录调控因子信息。 3)ATAC-seq + DAP-seq关联:在体外环境下最大限度还原Chip-seq...
一、 DAP-seq技术简介 DAP-seq(DNA亲和纯化测序)技术服务——高通量检测转录因子或DNA结合蛋白在基因组上的结合位点。 在功能基因组学和表观遗传学研究中,转录因子结合位点(TFBS)的发掘一直是研究热点。传统的ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序)方法,在抗体质量很好的情况下能够有效检测到TFBS。然而,好的抗体可遇不可...
DAP-seq实验原理 100+物种,1000+转录因子的实战经验。 DAP-Seq将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合,不需要针对每个转录因子制备特异性抗体,所以DAP-Seq具有快速、高通量、节约时间成本等显著优势,比ChIP-seq更易于扩展。 产品介绍: 品牌其他品牌
鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他...
技术简介 MADS转录因子的同源蛋白SEPALLATA3 (SEP3)和AGAMOUS (AG)是调控拟南芥花发育分化的重要DNA结合蛋白。在雌蕊发育阶段,SEP3和AG形成异源四聚体,通过识别CArG-box序列来调控基因的表达。Seq-DAP-seq技术与ChIP-seq联合使用,可用于分析转录因子的DNA结合域与基因组