鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他...
接下来,作者将DAP-seq鉴定的基因与拟南芥基因组进行比对,以鉴定同源基因。将同源基因与ChIP-seq和RNA-seq联合分析获得的基因进行了比较,找到2个共有基因:GRP3, evm.model.Chr11.1131和WRKY28,evm.model.Chr5.1036,这两个基因在MeGI-OX株系中的表达量均高于对照系,并在雌株和雄株油柿中进行了验证(图7C、D)。...
DAP-seq:(DNA affinity purification sequencing) 是一种高通量TF结合位点发现方法,用体外表达的TFS来询问基因组DNA 在全基因组水平,检测某个DNA结合蛋白的分布。是ChIP-seq的一种替代方案,在体外重组表达转录因子蛋白,与基因组DNA相互作用,对与重组蛋白结合的DNA测序,分析获得蛋白结合的基因位置,以及特异的DNA基序(mo...
DAP-seq(DNA affinity purification sequencing)是一种高通量筛选TF结合位点的方法,用体外表达的TFs结合基因组DNA。 DAP-seq将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合,不需要针对每个转录因子制备特异性抗体,所以DAP-seq具有快速、高通量、节约时间成本等显著优势。 DAP-seq是研究非模式植物顺反组和表观组的有力技...
鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他...
ChIPseq和DAPseq报告解读, 视频播放量 153、弹幕量 0、点赞数 7、投硬币枚数 6、收藏人数 12、转发人数 3, 视频作者 vivxiang, 作者简介 ,相关视频:IGV软件查看IP实验结果
DAP-seq是研究在体外状态下蛋白质-DNA互作的技术;ChIP-seq是研究在体内自然状态下蛋白质-DNA互作的技术。 DAP-seq 是用来揭示基因组范围内某个蛋白质(通常是转录因子)的结合位点,进而预测下游的靶基因,而且不需要抗体,也不限物种,尤其适用于植物领域的研究;ChIP-seq如上所述,是一种常见的用来发现转录因子结合位点...
在表观遗传学研究中,寻找转录因子的调控位点是困扰科学家的难题,经典的ChIP-Seq技术存在很多弊端,主要的是抗体问题,对于非模式植物更难入手。与ChIP-Seq相比,DAP-Seq将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合,不需要针对每个转录因子制备特异性抗体,DAP-Seq具有快速、高通量、节约时间成本等显著优势。
与ChIP-Seq相比,DAP-Seq将蛋白质体外表达技术与高通量测序技术相结合,不需要针对每个转录因子制备特异性抗体,所以DAP-Seq具有快速、高通量、节约时间成本等显著优势。 DAP-Seq是研究非模式植物顺反组和表观组的有力技术。本实验室先后对水稻,小麦,玉米,苜蓿,大豆,百脉根、香蕉、毛果杨、胡杨等物种开展了实验,建立...
蓝景科信DAP-seq完整技术服务实验流程和原理(DAP-seq和ChIP-seq的特点)1、DAP-seq在基因组水平上,鉴定转录因子的结合位点(transcriptionfactorbindingsites,TFBS)非常重要。ChIP-seq是进行体内检测TFBS的主要方法。然而,ChIP-seq依赖于抗体质量,这对低表达的蛋白质具有很大的挑战性。所以,ChIP-seq通常在规模上受到限制,...