图3 比较差的CUT&Tag质检图。 图4 对应图2的测序结果Insert size分布图。图5 对应图3的测序结果Insert size分布图，由于二代测序倾向于检测较短的序列，图中200bp左右区域的峰高于400bp左右区域。2.测序结果质控测序仪产出的reads需要经过一系列的质控步骤：1）低质量reads过滤，包括质量分数低的碱基序列和接头...
与其他测序文库相比,ATAC-Seq和CUT&Tag 文库的质量评判更加具有不确定性,因为不同的样品类型或不同的预处理之间可能有相当大的差异。 ATAC-seq和CUT&Tag的文库通常从完整的细胞核或完整的细胞中制备,转座体通过核膜或细胞膜进入到染色质内部进行转座反应,并将测序接头序列与片段化的DNA相连接。 这种可及性会受到细...
ATAC-seq和CUT&Tag文库通常来源于完整细胞核或细胞，转座体穿过细胞膜进入染色质内部进行转座反应，同时将测序接头序列与片段化的DNA相连接。这种可及性受到多种因素影响，如细胞类型、数量、活性、结团状态及Tn5与DNA的比例，从而导致文库片段存在较大差异。研究者经常询问：“我的文库是否正常，是否可以继...
如果你在输入样本中观察到过度表达的序列,这通常表明协议对特定区域存在一些偏见。在这里,我们的wt_sample2_chip样本中没有过度表示的序列。 注意:ATAC-seq中过度表示的序列 ATAC-seq是全部开放区域DNA序列中与蛋白质结合的序列,而不是像ChIP中那样富集非常特定的区域,因此我们预计ATAC-seq数据不会出现过度表达的序列...
1.CUT&Tag文库质控 CUT&Tag文库的质控是CUT&Tag项目成功的基础,对文库质量进行严格控制可以减少测序成本和生信分析的计算成本。理想的文库质检图是什么样的呢?(如图2所示)可以明显看出两个特征:1)出现不同的峰,分别是约200bp的峰和400bp的峰,分别代表1个核小体的分布峰和2个核小体的分布峰;2)第一个峰高度...
ATAC-seq和CUT&Tag的文库通常从完整的细胞核或完整的细胞中制备,转座体通过核膜或细胞膜进入到染色质内部进行转座反应,并将测序接头序列与片段化的DNA相连接。 这种可及性会受到细胞类型、细胞数量、细胞活性、细胞结团以及转座体与DNA的相对浓度的影响,其结果可能使得文库片段的数量和大小存在很大的差异。所以我们的...
ATAC-seq和CUT&Tag的文库通常从完整的细胞核或完整的细胞中制备,转座体通过核膜或细胞膜进入到染色质内部进行转座反应,并将测序接头序列与片段化的DNA相连接。 这种可及性会受到细胞类型、细胞数量、细胞活性、细胞结团以及转座体与DNA的相对浓度的影响,其结果可能使得文库片段的数量和大小存在很大的差异。所以我们的...