图1 CUT&Tag实验流程图(Kaya-Okur et al., 2019)。二、CUT&Tag质控1.CUT&Tag文库质控 CUT&Tag文库的质控是CUT&Tag项目成功的基础，对文库质量进行严格控制可以减少测序成本和生信分析的计算成本。理想的文库质检图是什么样的呢？（如图2所示）可以明显看出两个特征：1）出现不同的峰，分别是约200bp的峰和400...
CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation)是替换传统ChIP-seq技术来研究与目标蛋白质互作DNA的新技术。与ChIP-seq相同的是都需要利用抗体识别并结合目标蛋白,不同点在于CUT&Tag技术是利用Tn5转座酶与Protein A/G的融合蛋白,通过二抗把Tn5酶复合体引导至目标染色质区域,Tn5转座酶在剪切DNA的同时,在插入位点连...
依托先进的Protein A/G-Tn5融合蛋白体系和高通量测序平台，我们为广大科研工作者提供CUT&Tag技术分析。一、文库构建和测序流程 从DNA样品到最终数据获得，样品检测、建库、测序每一个环节都可能会对数据质量和数量产生影响，而数据质量又会直接影响后续信息分析的结果。因此，获得高质量数据是保证生物信息分析正确、全面...
CUT&Tag在染色质颗粒的两侧插入拴系酶附近的接头,尽管染色质颗粒内也可能发生标记。因此,靶向组蛋白修饰的 CUT&Tag 反应主要产生核小体长度 (~180 bp) 或该长度的倍数的片段。靶向转录因子的 CUT&Tag 主要分别从相邻核小体和因子结合位点产生核小体大小的片段和数量不定的较短片段。核小体表面的DNA标记也发生,...
CUT&Tag技术的优势在于其高效的文库构建和精准的片段化过程。在样本制备阶段,我们通过严格的DNA样品检测和文库质检,确保每一步操作的准确性和数据的高质量。在生物信息学分析中,数据清洗、比对、富集峰分析以及基~因功能注释等流程有助于全面解析目标蛋白的基~因组结合模式,并揭示其在细胞功能调控中的重要角色。依托...
1.1 原始数据产量 合格的数据是信息分析的基础,因此对下机数据进行质量控制(QC)是数据分析的首项内容。对下机后的数据(raw reads)产量进行基本的统计,结果如下: 表4. 原始数据质量统计 1.2 原始数据质控过滤 数据过滤的主要目的是去除低质量的数据,保证clean data的质量。我们采用Trimming的方式截去测序数据的测序接...
1.3 CUT&Tag 数据处理和分析大纲 Figure 2. CUT&Tag data processing and analysis. 2 数据预处理 2.1 质控【选做】 公司返回数据已经质检,这里就不做,也不做 trimming。 在任何情况下,我们不建议修剪,因为后面的 bowtie2 参数将提供准确的 mapping 信息而无需修剪。
最终，利用Illumina平台进行高通量测序，结合生物信息学工具进行质控、基~因组比对、富集峰注释、Motif识别、GO功能分析及KEGG通路分析，全面解析转录因子结合位点及染色质修饰的功能作用。图1.技术路线比对 *Plant Methods 16, 120 (2020)* 图2 三、CUT&Tag技术亮点 1、低细胞量需求：仅需少量细胞（甚至单细胞水平...
CUT&Tag(Cleavage Under Targets & Tagmentation)是一种高分辨率的基因组学技术,用于研究蛋白质与DNA之间的相互作用,如转录因子与染色质的相互作用等。它结合了DNA切割和标记的步骤,可以揭示蛋白质与DNA的相互作用位点,从而帮助我们理解基因表达调控、染色质结构以及其他基因组活动的机制。
3、生物信息学分析内容包括:原始数据质控、参考基因组比对、Peak基因注释、峰图分析及注释、Motif分析、GO注释分析、KEGG注释分析等。 案例展示 我司案例 文献示例 图CUT&Tag用于组蛋白修饰分析和RNAPII(Kaya-Okur et al., 2019)。 参考文献 Ye Zheng, Kami Ahmad, Steven Henikoff. CUT&Tag Data Processing and...