在cut run实验中,引物设计需要遵循一些规则和原则。首先,引物的长度通常在18-25个碱基对之间,这样可以提高引物的特异性和扩增效率。此外,引物的GC含量应在40-60%之间,以确保引物在反应温度下具有适当的稳定性。同时,引物的Tm值应在50-65℃之间,以确保在PCR反应中引物的特异性和扩增效率。 在设计引物时,还需要考...
LncRNA的qPCR引物相⽐于编码基因,是要复杂。导致其复杂的原因并不是引物设计原则上有特别之处,⽽是在于有太多的LncRNA数据库,数 据库之间往往没有关联,且不同数据库的维护也不尽相同。今天的⽂章分两块:LncRNA数据库介绍和LncRNA引物设计注意事项。 LncRNA数据库介绍 1、NCBI RefSeq NCBI不多做介绍,通常...
熔解曲线出现双峰，需要通过DNA琼脂糖凝胶电泳判断非目标峰是引物二聚体还是非特异性扩增。如果是引物二聚体，建议降低引物浓度，或者重新设计扩增效率高的引物。如果是非特异性扩增，请提高退火温度，或者重新设计更高特异性的引物。图:spike in normalization前,同一基因在不同投入量细胞结果中，基因的富集倍率差异较大...
Human CUTC qPCR Primer Pair,即人CUTC qPCR引物对,主要用于基于SYBR Green的qPCR、One-Step qRT-PCR或semi-quantitative PCR。本引物为预先设计、经过qPCR验证、预混的引物对。 qPCR (Quantitative PCR)即定量PCR,也称实时荧光定量PCR或实时定量PCR (Real-time quantitative PCR)、实时PCR (Real-time PCR),是一...
CUT&Tag Pro试剂盒(Vazyme #TD904)在不同细胞投入量的293细胞中对组蛋白H3K4me3体系进行了CUT&Tag-qPCR实验,本试剂盒可兼容100 - 100,000细胞,在低细胞投入量下仍有良好表现。对于不同丰度的靶点我们也对多个目的基因设计了引物进行检测,相较于阴性对照IgG,实验组中目的基因均有显著富集。
Mouse Onecut2 qPCR Primer Pair,即小鼠Onecut2 qPCR引物对,主要用于基于SYBR Green的qPCR、One-Step qRT-PCR或semi-quantitative PCR。本引物为预先设计、经过qPCR验证、预混的引物对。 qPCR (Quantitative PCR)即定量PCR,也称实时荧光定量PCR或实时定量PCR (Real-time quantitative PCR)、实时PCR (Real-time PCR...
以10,000和100,000个239细胞为样本,在不同靶蛋白体系中,针对不同的目的基因富集片段设计qPCR引物,均可以成功进行qPCR扩增。结果表明HD101可兼容不同类型、不同丰度的靶蛋白,目的基因片段富集效果好。 图1 293细胞中H3K4me3、H3K27me3、CTCF、Ezh2互作DNA的富集程度 ...
2.Q:富集下来的m6A 片段大概在多少呢?引物设计大概在多么大片段合适呢? A:如果做qPCR,其实也是做RT-qPCR,先要逆转录为cDNA,富集下来的RNA片段长度为50-200nts,建议引物的扩增长度为70-150bps,qPCR的Ct值取决于RNA的富集程度以及逆转录效果,一般来说,用这个试剂盒来富集5ug小鼠脑RNA样本的话Ct值为30-32,阴性...