我们先如下打开NCBI的引物设计页面: 在这个页面设计引物的时候,我们只要修改产物长度就行,我们只要100-150bp左右的产物就行,对于做ChIP-qpcr来说的话。因为如果你设计太长了,在你做ChIP的时候如果超声把DNA打的太短,你就验证不出来了。所以我们一般建议大...
在这个引物设计页面,你只要改三个地方,如下: 也就是对DNA进行比对,找到这一段序列最合适的引物。接着等待即可: 引物就出来了: 我们可以看到该引物可以扩增出一个87bp的DNA和一个3779bp的DNA,后面这个不影响。因为 我们做ChIP的时候DNA片段都是很小的。长片段已经基本...
而在ChIP-qPCR的引物设计中,则不需要这样,如果这样做,对有些组蛋白修饰的位点反而检测不出来了。因为ChIP-qPCR使用的模板就是来自genomic DNA,是很多“碎小”的原始基因组DNA,最常见是基因的启动子区域或者转录起始位点TSS上下游的2kb左右的区域(可能会包含外显子区域),所以这时候使用在线qPCR引物设计软件或是仪器...
获得DNA序列了,就可以进一步利用Primer 3等软件进行qPCR引物的设计,用Blast检验引物特异性。 对于阴性对照的引物,可按照同样的方法,选择没有Peak富集的区域进行设计。 引物设计Tips 1. TF结合的区域通常是启动子,UTR这些A/T比例比较高的区域,因而如果设计出来的引物Tm值略低,也是正常的,只要可以保证引物的特异性,不...
无论您是通过ChIP-qPCR来检测ChIP实验是否成功,为后续的建库和测序做准备,还是要通过qPCR的方式来检测蛋白与目标区域DNA的结合,正确的设计ChIP-qPCR引物会节省大量的时间和精力。 很多刚开始接触ChIP实验的同学和老师们常常对如何设计ChIP-qPCR引物感到有些迷茫,这里就让小编来一步步给您演示吧: ) ...
对于富集类实验,老师可以根据前期seq的结果预测的motif对应的peak两端序列进行引物设计(1),或者利用可视化的软件(如IGV)对peak最明确的位置对应的序列进行引物设计(2)。若前期未进行seq实验,也可利用一些ChIP数据库(如Cistrome DB)查看其他学者是否有进行对应蛋白的ChIP实验,利用别人的结果进行验证(3)。此外,若研究的...
无论您是通过ChIP-qPCR来检测ChIP实验是否成功,为后续的建库和测序做准备,还是要通过qPCR的方式来检测蛋白与目标区域DNA的结合,正确的设计ChIP-qPCR引物会节省大量的时间和精力。很多刚开始接触ChIP实验的同学和老师们常常对如何设计ChIP-qPCR引物感到有些迷茫,这里就让小编来一步步给您演示吧: ...
ChIP-Qpcr/PCR技术采用特定抗体来富集存在组蛋白修饰或转录调控具有直接作用的DNA 片 段。通过选择自己感兴趣的目的基因,设计特异性的引物,对特异性抗体(并设置相应的阳性对照和 阴性对照和Input)免疫共沉淀后纯化出的DNA片段进行PCR或qPCR进行验证,高重复地半定量或定 ...
我们最终得到的DNA序列信息,读者也可以选择自己感兴趣的基因或者区域,查看对应的DNA序列信息。得到DNA序列信息之后我们就可以按照常规的引物设计流程设计ChIP实验的引物。 我们推荐大家设计ChIP引物长度18-22nt,扩增产物长度在100-200bp,GC含量在40-60%,Tm值在55-65°C。
产品参数 Chip qpCR定位设计: 1).查找该基因的启动子区域; 2).客户指定设计区段,或者设计位点,我们设计qpCR引物; 3).合成引物,在基因组DNA上验证,提供客户相应的引物;产品咨询:sales@biotnt.com BioTNT订阅号: ELISA、蛋白芯片、荧光定量PCR、PCR ARRAY--BioTNT 科研好助手 首页 | 关于BioTNT | 联系...