CUT&RUN的主要步骤是首先将细胞通透化,随后加入目的蛋白抗体特异性的结合在目的蛋白处,并招募和protein A/G偶联的微球菌核酸酶(pA/G-MNase),最后加入Ca²⁺激活MNase活性,切割目标区域的DNA并回收,用于qPCR检测或NGS建库测序。 图1:CUT&RUN实验原理
CUT&RUN的主要步骤是首先将细胞通透化,随后加入目的蛋白抗体特异性的结合在目的蛋白处,并招募和protein A/G偶联的微球菌核酸酶(pA/G-MNase),最后加入Ca²⁺激活MNase活性,切割目标区域的DNA并回收,用于qPCR检测或NGS建库测序。 图1:CUT&RUN实验原理 3. CUT&RUN实验流程 那么接下来我们将详细讲解CUT&RUN的实验...
-传统ChIP-qPCR:ChIP-qPCR虽然也是一种有效的定量分析技术,但由于其背景噪声相对较高,可能会影响结果的准确性和重复性。 - 背景噪声: -CUT&RUN-qPCR:CUT&RUN具有较低的背景噪声,因为其使用了高效的核酸酶切割和释放机制。这减少了非特异性结合和背景信号的干扰,使得qPCR结果更加可靠。 -传统ChIP-qPCR:ChIP可能受...
上清中的DNA纯化后进行qPCR或NG-Seq鉴定、定量。 △点击放大图片 PART 2 CUT&RUN细节灵魂问答 1.Input样本问题 问:对每组的3-4个生物学重复样本,需要分别设置input对照吗,必须要和目的抗体组同样的细胞数吗?因为所用原代细胞比较珍贵,如果这样的话就要拿出相当一部分的细胞来做input对照?答:生物学重复不需要,不...
核酸酶靶向切割和释放 (CUT&RUN),与染色质免疫沉淀 (ChIP) 检测一样, 是一项用于在细胞天然染色质环境下检测蛋白-DNA 相互作用的强大通用技术。该技术自2020年问世以来,以所需细胞量少、背景低、易操作等多种优势,被广大科研工作者所青睐,也收到了来自终端用...
可重复的结果 用添加异源 DNA 标准化您的数据,即可提升您的实验可重复性。对某个指定实验内或不同实验之间的样品进行标准化。 图11. 使用因 qPCR 分析而加入的 DNA 对 CUT&RUN 检测信号进行标准化。使用CUT&RUN Assay Kit #86652、数量减少的 HC...
CUT&RUN的主要步骤:细胞通透化——加入目的蛋白抗体(特异性的结合在目的蛋白处)——招募和protein A/G偶联的微球菌核酸酶(pA/G-MNase)——加入Ca2+激活MNase活性,切割目标区域的DNA——回收片段化的DNA——qPCR检测或NGS建库测序。 图1:CUT&RUN实验原理 ...
cut run是一种新近发展的染色质免疫共沉淀技术,其原理是通过特异性抗体识别靶标蛋白,并利用酶切作用将其与染色质分离,然后使用qPCR来定量分析目标基因的丰度。在cut run实验中,引物的设计是确保实验成功的关键。 在进行cut run实验前,需要确定目标基因的序列。这可以通过数据库查询或测序技术来获取。在得到目标基因...
请注意,你不能对CUT&RUN文库进行qPCR,因为片段太短。请参见下面的阳性对照选项。 如果你没有已知的蛋白质靶点,可以设置一个阳性对照ChIP。组蛋白H3或H3K4me3通常效果非常好。由于大多数转录起始位点(TSS)上都存在大量的H3K4me3,你可以设计针对管家基因启动子的引物。如果你能检测到良好的信号,至少可以知道你的实验方法...
从哺乳动物细胞或分离的细胞核/染色质开始进行成功的CUT RUN所需的一整套优化试剂。该试剂盒被设计成快速富集具有来自低输入细胞/染色质的蛋白质(组蛋白或转录因子)的特定DNA复合物,并通过下一代测序使用Illumina平台或其他方法如qPCR鉴定或绘制体内蛋白质-DNA相互作用。创新的工作原理、优化的方案和试剂盒的组件允许捕...