CUT&RUN的高分辨率能够提供关于这些转录因子与DNA结合位点的精确信息,尤其是在异染色质区域,它们可能参与调控特定的基因表达模式。 -优势:由于CUT&RUN能够精确地捕捉转录因子与DNA的结合,并且具备较低的背景噪声,它在研究这些关键因子的结合位点和作用机制时表现优异。 利用CUT&RUN分析小鼠胚胎脑中H3K27me3, Ezh2 (P...
CUT&RUN的主要步骤是首先将细胞通透化,随后加入目的蛋白抗体特异性的结合在目的蛋白处,并招募和protein A/G偶联的微球菌核酸酶(pA/G-MNase),最后加入Ca²⁺激活MNase活性,切割目标区域的DNA并回收,用于qPCR检测或NGS建库测序。 图1:CUT&RUN实验原理 3. CUT&RUN实验流程 那么接下来我们将详细讲解CUT&RUN的实验...
在CUT&RUN中,抗体靶向目标蛋白从而结合在完整细胞中的染色质上,然后微球菌核酸酶(MNase)在目标蛋白结合位点特异性地剪切DNA,所释放的DNA片段被纯化、测序并定位到参考基因组序列上,就可推断出蛋白在DNA上的结合位点。ChIP需要将蛋白与DNA交联,这一步可能导致假阳性,而CUT&RUN不需要交联反应。 作为研究染色质相关蛋白...
所需细胞量少:传统的ChIP需要大约100-1000万个细胞,而CUT&RUN实验仅需50万个细胞。 测序背景低:传统的ChIP需要对整个染色质打断,一定会产生背景噪声,而CUT&RUN因为切割只发生在结合位点附近,因此检测背景很低。 节省时间:传统的ChIP需要2-3天时间,而CUT...
CUT&RUN的主要步骤是首先将细胞通透化,随后加入目的蛋白抗体特异性的结合在目的蛋白处,并招募和protein A/G偶联的微球菌核酸酶(pA/G-MNase),最后加入Ca??激活MNase活性,切割目标区域的DNA并回收,用于qPCR检测或NGS建库测序。 CUT&RUN实验流程: 1. 收获细胞并和beads结合:...
核酸酶靶向切割和释放 (CUT&RUN),与染色质免疫沉淀 (ChIP) 检测一样, 是一项用于在细胞天然染色质环境下检测蛋白-DNA 相互作用的强大通用技术。该技术自2020年问世以来,以所需细胞量少、背景低、易操作等多种优势,被广大科研工作者所青睐,也收到了来自终端用...
CUT&RUN的主要步骤是首先将细胞通透化,随后加入目的蛋白抗体特异性的结合在目的蛋白处,并招募和protein A/G偶联的微球菌核酸酶(pA/G-MNase),最后加入Ca²⁺激活MNase活性,切割目标区域的DNA并回收,用于qPCR检测或NGS建库测序。 CUT&RUN实验流程: 1. 收获细胞并和beads结合:...
最小化背景: 在目标蛋白质/DNA复合物的两端原位切割未结合的DNA序列,能够最小化免疫捕获的背景,允许进行少于1000万次读取的测序数据分析。 快速、流程简化的程序: 从细胞到文库DNA的程序不到3小时。 高度便捷: 试剂盒包含了CUT&RUN每个步骤所需的所有组分,因此EpiNext™ CUT&RUN Fast试剂盒是最方便的,能够提供...
CUT&RUN产物连adaptor 在200bp,左右 故1.1X OK。 问:开盖晾干beads的过程中如果晾干不够会对测序结果有影响吗?答:乙醇影响PCR,太干损失DNA。Fang的操作:吸取上清后,开timer 5min,用小枪头再吸一遍(一般可以吸走2-3uL),等Timer到时间,加TE。 PCR扩增 问:对应于input样本可以选用相同的cycle数吗,还是根据所...
CUT&RUN: 染色质免疫沉淀 (ChIP) 和 ChIP-seq 等能够比对蛋白-DNA 相互作用的方法的开发,使得人们越来越了解到异常的表观遗传调节可以引起许多人类疾病。核酸酶靶向切割和释放 (CUT&RUN) 是一项可用于染色质分析的新技术。 CUT&RUN 是一种使用靶标特异性一抗和Protein A - Protein G - 微球菌核酸酶 (pAG-...