Convert entrez gene IDs to gene symbolsgeneIDs
输入三个变量分别对应:查询gene id或symbol、查询输入类型和输出结果目录。 1. 根据NCBI gene ENTREZID查询基因注释 # 可通过"1,10,100,1000"输入,一次查询多个基因,逗号分割即可Rscript geneQuery.R"1,10,100,1000""ENTREZID""/gene_annoation" 2. 根据gene symbol查询基因注释 # 多个gene symbol使用逗号分割...
因此作者使用Python Plotly Dash包开发了一个ID转换网络服务器GeneToList (https://www.genetolist.com/)。可以批量转换,并且能够处理别名,废弃名字等情况。 GeneToList从NCBI中收集了超过3.4万个物种的基因信息,支持的数据库包括:NCBI Gene symbol,NCBI gene IDs(EntrezIDs),OMIM IDs,HGNC IDs,Ensembl IDs等。
因此作者使用Python Plotly Dash包开发了一个ID转换网络服务器GeneToList (https://www.genetolist.com/)。可以批量转换,并且能够处理别名,废弃名字等情况。 GeneToList从NCBI中收集了超过3.4万个物种的基因信息,支持的数据库包括:NCBI Gene symbol,NCBI gene IDs(EntrezIDs),OMIM IDs,HGNC IDs,Ensembl IDs等。
(https://www.genetolist.com/)。可以批量转换,并且能够处理别名,废弃名字等情况。 GeneToList从NCBI中收集了超过3.4万个物种的基因信息,支持的数据库包括:NCBI Gene symbol,NCBI gene IDs(EntrezIDs),OMIM IDs,HGNC IDs,Ensembl IDs等。 1,基因别名 ...
dolichyl-phosphate mannosyltransferase subunit 1, catalytic#> 4 SCY1 like pseudokinase 3#> 5 chromosome 1 open reading frame 112#> 6 FGR proto-oncogene, Src family tyrosine kinaseconvert_custom(c("TP53","KRAS","EGFR","MYC"),from="symbol",to="entrez",dt=grch37)#> [1] "7157" "3845"...
library(genebabel) d <- data.frame(a = 1:3, b = c("FLG", "SGK2", "CDK1")) join_hgnc(d, "b", match_cols = c("symbol", "alias_symbol", "prev_symbol"), select_cols = c("entrez_id", "symbol", "refseq_accession")) #> a b entrez_id symbol refseq_accession #> 1 1...
Convert other common IDs such as ensemble gene id, gene symbol, refseq id to entrez gene ID.Lihua Julie Zhu
(https://www.genetolist.com/)。可以批量转换,并且能够处理别名,废弃名字等情况。 GeneToList从NCBI中收集了超过3.4万个物种的基因信息,支持的数据库包括:NCBI Gene symbol,NCBI gene IDs(EntrezIDs),OMIM IDs,HGNC IDs,Ensembl IDs等。 1,基因别名 ...