一种是 detailed results(基于 connnectivity score 的展示方式),该法是以单个 instance 为中心,也就是展示 CMap 数据库中每一个 instance 与用户提交探针集的关系(结果解释参见药物基因组学数据库 Connectivity Map 使用方法简介(一));另一种是 permuted results(基于 instance 集合的结果展示方式),instance 集合的...
Connectivity Map(CMap)是一种在生物医学领域中用于理解化合物作用和疾病之间相互关系的分析和可视化工具。CMap通过比较化合物的基因表达谱或药物治疗的基因表达谱,来推断出化合物和疾病之间的关联。 CMap的工作原理如下: 1. 数据收集和处理:CMap首先收集和整理大量的基因表达数据,包括药物处理的基因表达谱、疾病样本的...
注册步骤 我们是用谷歌浏览器右键翻译打开的网站,打开Connecivity map网页右上角的Log in点击Create an account如下图所示: The Connectivity Map is free for all individuals from academic and non-profit organizations. Commercial access is available, please contact us.“Connectivity Map 对来自学术和非营利组...
官网地址https://clue.io/ cMap(connectivitymap),可以说是在生物信息专业的无人不知无人不晓了,作为一个很有名气,而且也很早就建立起的化学试剂作用表达谱数据库,而且后期还加入了GSEA算法,使得研究者可以通过自己做出的不论是疾病表达谱还是化学物质刺激后的表达谱所获得差异表达基因,通过在cMap中的查询,可以获得...
让我们相约Bilibili,看Dr. SummerCMap实操,了解“生信新玩法—Connectivity Map”(下周五,10月15日,20:30-21:30),你准备好了吗? 进入“CMap”直播课的三种方式: 1.通过扫描图片中二维码; 2.浏览器中搜索直播间地址 (http://live.bilibili.com/22778270); ...
origin-www.readersdigest.hk|基于4个网页 2. 关联性图谱 我们已发展出「关联性图谱」(connectivity map),可根据药物活化的基因、而非药物治疗的疾病,来界定药物特征。为找出 … www.hbrtaiwan.com|基于 1 个网页
Connectivity Map (CMAP) | Broad Institute 迄今为止,CMap 已经产生了一个文库,其中包含来自约在多种细胞类型中测试过的5,000个小分子化合物的超过1.5 M 的基因表达谱,以及约3,000个遗传试剂。为了得到这么大规模的数据,我们开发了 L1000,这是一种相对廉价和快速的高吞吐量基因表达谱技术。表达数据通过计算流水...
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上篇Connectivity Map(cMap)的探索应用(一)中简单提及以下两种做法: 文章提供了cMAP的在线分析网站:http://www.broad.mit.edu/cmap(需要非盈利机构的邮箱注册方可使用) 大牛有提供cmap的githup代码仓储:https://github.com/cmap/(其内包括多种解决版本,包括R,pathon等), 简单看过R版的流程,这个R包主要用于gct...
摘要:Connectivity Map 是药物基因组学研究领域的重要数据库,是计算生物学和药物筛选研究人员做研究时不得不重视的数据库。它不仅提供大量宝贵的药物处理人类细胞系前后的基因表达谱数据,而且也提供了基于模式匹配算法的在线工具,用户提交合适的基因列表就能得到该数据库中与之相关的药物。