一种是 detailed results(基于 connnectivity score 的展示方式),该法是以单个 instance 为中心,也就是展示 CMap 数据库中每一个 instance 与用户提交探针集的关系(结果解释参见药物基因组学数据库 Connectivity Map 使用方法简介(一));另一种是 permuted results(基于 instance 集合的结果展示方式),instance 集合的...
“生信新玩法—Connectivity Map (CMap)”直播课的讲师介绍 Dr. Summer,生物信息学博士,已发表多篇SCI,参与多项国家级及省级项目,对开发药物靶点预测模型以及Connectivity map有深刻的理解和认识。 让我们相约Bilibili,看Dr. SummerCMap实操,了解“生信新玩法—Connectivity Map”(下周五,10月15日,20:30-21:30),你...
CMap是由Broad研究所开发的一个基于干预基因表达的表达谱数据库。它被计算生物学家及药物筛选研究人员广泛应用于药物基因组学研究领域,用于揭示小分子化合物、基因以及疾病状态的功能联系。CMap既能够了提供药物处理人类细胞系前后的基因表达谱数据,也提供了基于模式匹配算法的在线工具。 2.CMap的原理? 首先通过实验分析...
Connectivity Map(CMap)是一种在生物医学领域中用于理解化合物作用和疾病之间相互关系的分析和可视化工具。CMap通过比较化合物的基因表达谱或药物治疗的基因表达谱,来推断出化合物和疾病之间的关联。 CMap的工作原理如下: 1. 数据收集和处理:CMap首先收集和整理大量的基因表达数据,包括药物处理的基因表达谱、疾病样本的...
Connectivity map (简称CMAP)，是由Todd Golub和Eric Lander领导的众多优秀研究人员建构，是利用不同浓度...
上篇Connectivity Map(cMap)的探索应用(一)中简单提及以下两种做法:一是提供了cMAP的在线分析网站:www.broad.mit.edu/cmap (需要非盈利机构的邮箱注册方可使用);二是有提供cmap的githup代码仓储:https://github.com/cmap/ (其内包括多种解决版本,包括R,python等), 简单看过R版的流程,这个R包主要用于gct/gctx...
Connectivity map (简称CMAP) 是一种研究工具，由多位顶尖科学家在Todd Golub 和 Eric Lander的领导下共同开发。其核心原理是通过分析不同浓度（10nM, 100nM, 1uM, 10uM）的小分子对不同细胞株（包括乳腺、前列腺、白血病、黑色素瘤）在6小时、12小时后的基因表达谱影响。其目的是将小分子和基因的...
上篇提及了两种针对Connectivity Map(cMap)的探索应用方法。对于在线分析，cMap提供两种主要平台：旧版build2和Clue平台。在线分析时，用户通常会利用query功能在build2数据库中搜索相似性，此数据库因其源自完整的芯片数据及高引用度而被认为数据更严谨可靠。新版Clue平台虽然提供了小分子数据库，但数据覆盖度...
Connecivity map简称cmap)为一个基因表达谱数据库,是由Todd Golub与Eric Lander领导的菁英团队,集哈佛、剑桥大学与麻省理工学院等众多优秀研究人员所建构,利用小分子药物处理人类细胞后的基因表现差异,建立一个小分子药物、基因表现与疾病相互关连的生物应用数据库。研究团队认为以基因表达谱为所建立之基因、疾病与药物的...
之前Connectivity Map(cMap)的探索应用(一)和Connectivity Map(cMap)的探索应用(二)简单介绍了下分析平台,展示形式等内容。同时还介绍了cmap分析的两种在线分析工具build2和clue的使用。但很多时候方法很多,但并不清楚该分析在具体的科研中应用。因此,今天着重来看下cmap主要在什么科研目的下使用?换句话说,就是cmap分析...