一种是 detailed results(基于 connnectivity score 的展示方式),该法是以单个 instance 为中心,也就是展示 CMap 数据库中每一个 instance 与用户提交探针集的关系(结果解释参见药物基因组学数据库 Connectivity Map 使用方法简介(一));另一种是 permuted results(基于 instance 集合的结果展示方式),instance 集合的...
首先通过实验分析得到表达基因列表,再利用CMap将差异基因列表与数据库参考数据集进行比对;最后数据库会根据差异表达基因在参考基因表达谱富集情况得到一个相关性分数(-100-100),其中正数表示上调及下调差异表达具有相似性,而负数则表示上调和下调的差异表达是相反的,并根据数值对参考基因表达排序。 3.CMap的发展史? 2000...
官网地址https://clue.io/ cMap(connectivitymap),可以说是在生物信息专业的无人不知无人不晓了,作为一个很有名气,而且也很早就建立起的化学试剂作用表达谱数据库,而且后期还加入了GSEA算法,使得研究者可以通过自己做出的不论是疾病表达谱还是化学物质刺激后的表达谱所获得差异表达基因,通过在cMap中的查询,可以获得...
在数据处理方面，用户需准备基于特定平台的基因芯片数据，并提供上下调探针集列表。CMap提供四种数据输入接口，用户可上传本地文件并执行分析。结果解释包括详细的基于连接性分数的展示方式，以及基于集合的展示方式，分别通过Enrichment score和p值对实例集进行排序，为用户提供深入的分析结果。Connectivity Map所...
Connectivity map (简称cmap) Todd Golub Eric Lander 为一个基因表达 谱数据库，是由与领导的菁英团队，集哈佛、剑桥大学与麻省理工学院等众多优秀研究人员所建构，利用小分子药物处理人类细胞后的基因表现差异，建立一个小分子药物、基因表现与疾病相互关连的生物应用数据库。研究团队认为以基因表达谱为所建立之基因、...
针对第一项,如何在线分析?经Connectivity Map官网介绍,在线进行cMAP分析的主要有两个网站: 1-旧版build2 网站:https://portals.broadinstitute.org/cmap/, 该网站仍可以使用,但不再更新。 目的:该网站主要提供以下几种功能,最主要的是query功能,用于评估自身提供的上下调基因与数据库build2中收录的上千条小分子药...
The Connectivity Map(CMap) 是由Broad研究所开发的一个基于干预基因表达的基因表达谱数据库;主要用于揭示小分子化合物,基因和疾病状态的功能联系。 #1. CMap原理 实验分析得到的上调和下调差异表达基因列表,利用CMap将差异基因列表与数据库参考数据集比对;根据差异表达基因在参考基因表达谱富集情况得到一个相关性分数(-...
上篇提及了两种针对Connectivity Map(cMap)的探索应用方法。对于在线分析，cMap提供两种主要平台：旧版build2和Clue平台。在线分析时，用户通常会利用query功能在build2数据库中搜索相似性，此数据库因其源自完整的芯片数据及高引用度而被认为数据更严谨可靠。新版Clue平台虽然提供了小分子数据库，但数据覆盖度...
CMap数据在CLUE和GEO,LINCS中的区别 CLUE存储一系列使用L1000平台产生的扰动基因表达特征(除各种分析工具),由NIH资金支持产生的新的数据都会传到GEO数据库中,同样的数据也会传到LINCS portal。 CMap的L1000平台使用的landmark是否能代表广泛生物学通路和功能以及在不同细胞系中广泛表达。
The Connectivity Map(CMap) 是由Broad研究所开发的⼀个基于⼲预基因表达的基因表达谱数据库；主要⽤于揭⽰⼩分⼦化合物，基因和疾病状态的功能联系。#1. CMap原理 实验分析得到的上调和下调差异表达基因列表，利⽤CMap将差异基因列表与数据库参考数据集⽐对；根据差异表达基因在参考基因表达谱富集情况得到...