原因: 你肯定在执行conda install r-seurat 过程中有ctrl +c 打断过下载过程,或者同时开着好多个conda install下载, 导致安装包缓存混乱,导致无法安装。因为conda下各个环境的下载文件都是在miniconda3/pkgs 这个统一目录下的,你同时安装,又有打断行为,很混乱。 解决办法:conda clean -all 用来删除缓存数据,删除没...
docker run -it --name notebook-server -p 7777:8888 -v /Users/liji/PycharmProjects/docker_R:/Users/liji/PycharmProjects/docker_R satijalab/seurat:4.0.2 /bin/bash 4. 在镜像里面安装jupyter 如果docker的镜像没有vi,需要安装下 apt-getupdate apt-getinstall vim # 安装 jupyter pip install jupy...
1. Linux系统安装anacondaLinux中安装Anaconda和cutadapt_韩建刚(CAAS-UCD)的博客_cutadapt安装 2. 配置镜像,参考下面三个文章,实测非常有效 conda配置R虚拟环境及导入R包_科研小工努力搬砖的博客_r语言虚拟环境 conda 基于python3.8安装R语言4+Seurat4_运维自动化&云计算的博客_conda r conda 安装R语言及其R包 - 简...
单细胞转录组(scRNA-seq)分析标准流程(上集,R Seurat) 2.0万播放 GEO数据库挖掘,基因表达矩阵的下载与生成(R语言) 2.1万播放 生信数据挖掘之GEO数据的下载与处理 1.3万播放 单细胞测序1一细胞分群图UMAP,tSNE 2.3万播放 FASTQ质控软件FASTP的入门介绍|下载、安装、运行及结果解读演示 9774播放 【中英双语】Illumina...
另外就是,大家在安装它的时候,它没办法很好的自动解决它自己的依赖问题,所以官网给了其系列依赖包的独立安装方式。 首先是在cran的 代码如下所示: 代码语言:javascript 复制 CRANdep<-c("Seurat","reticulate","R.utils","dplyr","ggplot2","clustree","ape","gtools","future","grid","gridExtra","magri...
- r-lme4 - r-ggrastr - r-pheatmap - r-plotly - r-gplots - conda-forge:r-seurat - conda-forge:r-seuratobject - conda-forge:r-circlize - conda-forge:r-speedglm - conda-forge:r-htmlwidgets - bioconductor-biocgenerics - bioconductor-delayedarray ...
单细胞-SeuratR包安装第二弹安装完成 conda install -c conda-forge/label/gcc7 r-rgeos conda install -c conda-forge/label/cf201901 r-rgeos conda...install -c conda-forge/label/cf202003 r-rgeos 这是我在官网上看到的安装方式,我选择了第一个。...sudo conda install -c conda-forge r-rgeos [...
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在pycharm新建conda环境的前提是安装并配置好anaconda结果建的时候报错: PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels: 原因是anaconda的镜像源中没有我们想要的包,所以要把anaconda镜像源换掉。anaconda镜像源的位置在 ...