先使用conda安装DESeq2两个重要的安装包XML和data.table(因为亲测直接安装DESeq2,是缺少部分依赖包的)。 命令行:conda install r-xml;安装XML成功后,安装data.table。首先conda search -c bioconda data.table,选择和R3.6.3版本匹配的data.table。根据search结果,发现合适的data.table版本为1.12.2,因此输入:conda...
打开终端或命令提示符,并执行以下命令: conda install -c bioconda bioconductor-package-name 将bioconductor-package-name替换为您要安装的R包的名称。例如,要安装DESeq2包,您可以运行: conda install -c bioconda bioconductor-deseq2 创建和管理R环境Conda允许您创建多个环境,每个环境可以有不同的R版本和包依赖关系...
conda install -y bioconductor-deseq bioconductor-deseq2 bioconductor-edger r-gplots 由于书上已经提供了使用以上三种包分析的R脚本,直接下载 curl-Ohttp://data.biostarhandbook.com/rnaseq/code/deseq1.r curl-Ohttp://data.biostarhandbook.com/rnaseq/code/deseq2.r curl-Ohttp://data.biostarhandbook....
$ conda install -c conda-forge -y r-base=4.0.0 #再次搜索默认R $ which R ~/miniconda3/bin/R 3、安装R包 #搜索deseq2包$ conda search deseq2 Loading channels: done No match found for: deseq2. Search: *deseq2* # Name Version Build Channel bioconductor-deseq2 1.8.2 r3.2.2_0 bi...
It says not available for windows [python3] C:\Users\Username>conda install bioconductor-deseq2 Using Anaconda Cloud api site https://api.anaconda.org Fetching package metadata: ... Solving package specifications: . Error: Package m...
1.16.1r3.4.1_2 bioconda 1.16.1r3.4.1_3 bioconda 1.18.0r3.4.1_0 bioconda 1.18.1r3.4.1_0 bioconda 你可以根据你的R的版本选择安装对应版本的DESeq2,或者直接输入 conda install bioconductor-deseq2 conda会自动安装最新版本的deseq2以及对应版本的R,以及各种依赖的其他R包。
install.packages() q() #退出R $ which R #查看当前R版本 conda update r-base #更新R #方法二:conda安装 conda install -y bioconductor-deseq2 #比如 bioconductor 安装deseq2包 conda install r-GSVA #第二种直接安装 6.conda其他用法 更新软件:conda update 软件名 ...
conda install r-ggplot2 conda install -c bioconda bioconductor-deseq2 conda install --channel https://conda.anaconda.org/BioBuilds r-ggplot2 删除已安装的软件或者包: conda remove -n 环境名 软件名 更新某个软件: conda update 软件名 https://www.cnblogs.com/zhangxingcomeon/p/13801554.html...
BiocManager::install("DESeq2") 基本包清华镜像 options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))) 生物信息常用的R包安装 install.packages("flexdashboard") install.packages("DT") install.packages("ggplot2")
$ conda install -c conda-forge -y r-base=4.0.0 #再次搜索默认R $ which R ~/miniconda3/bin/R 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 安装R包 #搜索deseq2包$ conda search deseq2