使用conda安装R包的一般命令格式是conda install -c channel package-name,其中channel是包的来源通道,package-name是你要安装的包的名称。对于DESeq2包,你可以从bioconda通道安装。因此,你需要将channel替换为bioconda,将package-name替换为bioconductor-deseq2。具体的安装命令如下: bash conda install -c bioconda bio...
亲测在R中使用BiocManager安装不上DESeq2,于是退出R,转用conda安装DESeq2。输入conda search deseq2,根据R版本,选择合适的DESeq2版本,根据结果输入:conda install -c bioconda bioconductor-deseq2=1.24.0。此命令运行结束后,进入R,输入library("DESeq2"),如果不报错,即为安装成功啦! 编辑于 2020-07-29 13...
conda install -c bioconda bioconductor-deseq2 创建和管理R环境Conda允许您创建多个环境,每个环境可以有不同的R版本和包依赖关系。这对于隔离不同项目的依赖关系非常有用。要创建一个新的R环境,请执行以下命令: conda create -n myenv r-base=3.6.0 这将创建一个名为myenv的新环境,并指定R的版本为3.6.0。...
bioconductor-deseq2 1.10.0 r3.2.2_1 bioconda bioconductor-deseq2 1.10.1 r3.2.2_0 bioconda #安装deseq2包 $ conda install -y bioconductor-deseq2 注意事项 1、bioconda最好升级到最新版本 conda update -n base -c defaults conda 2、R的名字为r-base 3、R包的名字在bioconda中以r-为前缀 4...
It says not available for windows [python3] C:\Users\Username>conda install bioconductor-deseq2 Using Anaconda Cloud api site https://api.anaconda.org Fetching package metadata: ... Solving package specifications: . Error: Package m...
$ conda install -c conda-forge -y r- = $ which R ~/miniconda3/bin/R 3、安装R包 $ conda search deseq2 Loading channels: done No match found : deseq2. Search: *deseq2* bioconductor-deseq2 r3 _0 bioconda bioconductor-deseq2 ...
conda install -c bioconda bioconductor-deseq2 conda install --channel https://conda.anaconda.org/BioBuilds r-ggplot2 删除已安装的软件或者包: conda remove -n 环境名 软件名 更新某个软件: conda update 软件名 https://www.cnblogs.com/zhangxingcomeon/p/13801554.html...
# 安装R语言本体 conda install -y r-base=4.2 ## 或者使用mamba安装:mamba install -y r-base=4.1.2 # 安装R语言软件包(安装命令可从Linux软件安装.md文件中查找)安装时间较久 conda install -y r-getopt r-tidyverse r-ggplot2=3.3.5 bioconductor-limma bioconductor-edger bioconductor-deseq2 bioconduct...
#安装R语言 $ conda install -c conda-forge -y r-base=4.0.0 #再次搜索默认R $ which R ~/miniconda3/bin/R 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 安装R包 #搜索deseq2包$ conda search deseq2 ...
conda install r-irkernel jupyter #使用 jupyter 必须 # 上面的基本是必装的包,其他的可以根据个人选择性安装 # 注意下面的包在 Windows 下并不是都提供的,如果 conda不提供,那么不使用 conda 安装即可 conda install bioconductor-edger bioconductor-deseq2 bioconductor-limma # 差异分析 ...