(下次登录,source ~/.bashrc后,conda activate r3.6就可以直接进入到R3.6.3环境中) 四、使用conda和R安装DESeq2依赖包 先使用conda安装DESeq2两个重要的安装包XML和data.table(因为亲测直接安装DESeq2,是缺少部分依赖包的)。 命令行:conda install r-xml;安装XML成功后,安装data.table。首先conda search -c ...
conda install -c bioconda bioconductor-deseq2 创建和管理R环境Conda允许您创建多个环境,每个环境可以有不同的R版本和包依赖关系。这对于隔离不同项目的依赖关系非常有用。要创建一个新的R环境,请执行以下命令: conda create -n myenv r-base=3.6.0 这将创建一个名为myenv的新环境,并指定R的版本为3.6.0。...
conda install -y bioconductor-deseq bioconductor-deseq2 bioconductor-edger r-gplots 由于书上已经提供了使用以上三种包分析的R脚本,直接下载 curl-Ohttp://data.biostarhandbook.com/rnaseq/code/deseq1.r curl-Ohttp://data.biostarhandbook.com/rnaseq/code/deseq2.r curl-Ohttp://data.biostarhandbook....
$ conda install -c conda-forge -y r-base=4.0.0 #再次搜索默认R $ which R ~/miniconda3/bin/R 3、安装R包 #搜索deseq2包$ conda search deseq2 Loading channels: done No match found for: deseq2. Search: *deseq2* # Name Version Build Channel bioconductor-deseq2 1.8.2 r3.2.2_0 bi...
conda install -c bioconda bioconductor-deseq2 如果想要安装Github上的R包,需要自己手动在conda创建这个安装包 (要有一个conda的账号) conda skeleton cran <github_url> conda build --R=<my_r_version> r-<lower-case-package-name> conda install -c <my_user_name> <my_package> ...
It says not available for windows [python3] C:\Users\Username>conda install bioconductor-deseq2 Using Anaconda Cloud api site https://api.anaconda.org Fetching package metadata: ... Solving package specifications: . Error: Package m...
conda install -c bioconda bioconductor-deseq2 conda install --channel https://conda.anaconda.org/BioBuilds r-ggplot2 删除已安装的软件或者包: conda remove -n 环境名 软件名 更新某个软件: conda update 软件名 https://www.cnblogs.com/zhangxingcomeon/p/13801554.html...
R 常用 bioconductor的清华镜像 options(BioC_mirror="https://mirrors.bfsu.edu.cn/bioconductor")if(!requireNamespace("BiocManager", quietly =TRUE))install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DESeq2") 基本包清华镜像 options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN...
Docker的一个鲜明的特点是提供一个即时可用的镜像(使用上类似于虚拟系统,但是实际上与虚拟机玩去不一样),开发者把生物信息的各种软件、R包等部署到镜像中,使用者可以直接下载该镜像进行使用,省去了个人安装软件,配置环境的种种烦恼。 比如我感兴趣的是RNAseq分析,正好Nature Commnication 上发了一篇关于RNAseq数据...
#安装R语言 $ conda install -c conda-forge -y r-base=4.0.0 #再次搜索默认R $ which R ~/miniconda3/bin/R 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 安装R包 #搜索deseq2包$ conda search deseq2 ...