使用Conda安装R包的一般命令格式是conda install -c channel package-name,其中channel是包的来源通道,package-name是你要安装的包的名称。 指定安装DESeq2包: 对于DESeq2包,你可以从bioconda通道安装。因此,你需要将channel替换为bioconda,将package-name替换为bioconductor-deseq2。 执行安装命令: 输入以下命令来安装...
亲测在R中使用BiocManager安装不上DESeq2,于是退出R,转用conda安装DESeq2。输入conda search deseq2,根据R版本,选择合适的DESeq2版本,根据结果输入:conda install -c bioconda bioconductor-deseq2=1.24.0。此命令运行结束后,进入R,输入library("DESeq2"),如果不报错,即为安装成功啦!
打开终端或命令提示符,并执行以下命令: conda install -c bioconda bioconductor-package-name 将bioconductor-package-name替换为您要安装的R包的名称。例如,要安装DESeq2包,您可以运行: conda install -c bioconda bioconductor-deseq2 创建和管理R环境Conda允许您创建多个环境,每个环境可以有不同的R版本和包依赖关系...
It says not available for windows [python3] C:\Users\Username>conda install bioconductor-deseq2 Using Anaconda Cloud api site https://api.anaconda.org Fetching package metadata: ... Solving package specifications: . Error: Package m...
#安装deseq2包 $ conda install -y bioconductor-deseq2 注意事项 1、bioconda最好升级到最新版本 conda update -n base -c defaults conda 2、R的名字为r-base 3、R包的名字在bioconda中以r-为前缀 4、一些Bioconductor包的名字为bioconductor-前缀 5、如果bioconda安装终端了,再多试几次发布...
bioconductor-deseq2 r3 _0 bioconda #安装deseq2包 $ conda install -y 注意事项 1、bioconda最好升级到最新版本 conda -n base -c conda 2、R的名字为r-base 3、R包的名字在bioconda中以r-为前缀 4、一些BioconductoR包的名字为bioconductor-前缀 ...
#安装deseq2包 $ conda install -y bioconductor-deseq2 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 注意事项 1、bioconda最好升级到最新版本 conda update -n base -c defaults conda 1. 2、R的名字为r-base 3、R包的名字在bioconda中以r-为前缀 ...
conda install -y r-base=4.2 ## 或者使用mamba安装:mamba install -y r-base=4.1.2 # 安装R语言软件包(安装命令可从Linux软件安装.md文件中查找)安装时间较久 conda install -y r-getopt r-tidyverse r-ggplot2=3.3.5 bioconductor-limma bioconductor-edger bioconductor-deseq2 bioconductor-clusterprofiler ...
bioconductor的清华镜像 options(BioC_mirror="https://mirrors.bfsu.edu.cn/bioconductor")if(!requireNamespace("BiocManager", quietly =TRUE))install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DESeq2") 基本包清华镜像 options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))...
接下来是bioconductor的 专门存放生物信息学相关的包,代码如下所示: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 BioCdep<-c("SingleR","limma","BiocFileCache","AnnotationHub","ExperimentHub","celldex","scDblFinder")newPackages<-BioCdep[!(BioCdep%in%installed.packages()[,"Package"])]if(length...