亲测在R中使用BiocManager安装不上DESeq2,于是退出R,转用conda安装DESeq2。输入conda search deseq2,根据R版本,选择合适的DESeq2版本,根据结果输入:conda install -c bioconda bioconductor-deseq2=1.24.0。此命令运行结束后,进入R,输入library("DESeq2"),如果不报错,即为安装成功啦!
将bioconductor-package-name替换为您要安装的R包的名称。例如,要安装DESeq2包,您可以运行: conda install -c bioconda bioconductor-deseq2 创建和管理R环境Conda允许您创建多个环境,每个环境可以有不同的R版本和包依赖关系。这对于隔离不同项目的依赖关系非常有用。要创建一个新的R环境,请执行以下命令: conda cre...
It says not available for windows [python3] C:\Users\Username>conda install bioconductor-deseq2 Using Anaconda Cloud api site https://api.anaconda.org Fetching package metadata: ... Solving package specifications: . Error: Package m...
1.16.1r3.4.1_0 bioconda 1.16.1r3.4.1_2 bioconda 1.16.1r3.4.1_3 bioconda 1.18.0r3.4.1_0 bioconda 1.18.1r3.4.1_0 bioconda 你可以根据你的R的版本选择安装对应版本的DESeq2,或者直接输入 conda install bioconductor-deseq2 conda会自动安装最新版本的deseq2以及对应版本的R,以及各种依赖的其他R包。
#安装deseq2包 $ conda install -y bioconductor-deseq2 注意事项 1、bioconda最好升级到最新版本 conda update -n base -c defaults conda 2、R的名字为r-base 3、R包的名字在bioconda中以r-为前缀 4、一些Bioconductor包的名字为bioconductor-前缀 ...
conda install -y bioconductor-deseq bioconductor-deseq2 bioconductor-edger r-gplots 由于书上已经提供了使用以上三种包分析的R脚本,直接下载 curl-Ohttp://data.biostarhandbook.com/rnaseq/code/deseq1.r curl-Ohttp://data.biostarhandbook.com/rnaseq/code/deseq2.r ...
conda install -c bioconda bioconductor-deseq2 conda install --channel https://conda.anaconda.org/BioBuilds r-ggplot2 删除已安装的软件或者包: conda remove -n 环境名 软件名 更新某个软件: conda update 软件名 https://www.cnblogs.com/zhangxingcomeon/p/13801554.html...
conda install -c bioconda bioconductor-deseq2 如果想要安装Github上的R包,需要自己手动在conda创建这个安装包 (要有一个conda的账号) conda skeleton cran <github_url> conda build --R=<my_r_version> r-<lower-case-package-name> conda install -c <my_user_name> <my_package> ...
#安装deseq2包 $ conda install -y bioconductor-deseq2 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 注意事项 1、bioconda最好升级到最新版本 conda update -n base -c defaults conda 1. 2、R的名字为r-base 3、R包的名字在bioconda中以r-为前缀 ...
bioconductor的清华镜像 options(BioC_mirror="https://mirrors.bfsu.edu.cn/bioconductor")if(!requireNamespace("BiocManager", quietly =TRUE))install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DESeq2") 基本包清华镜像 options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))...