conda install -h #查看install子命令的帮助 只是这些命令就可以省去不少安装的麻烦了,但是如果软件没搜索到呢? Conda的channel Conda默认的源访问速度有些慢,可以增加国内的源;另外还可以增加几个源,以便于安装更多的软件,尤其是bioconda安装生信类工具。conda-forge通道是Conda社区维护的包含很多不在默认通道里面的通...
安装R包时指定R的版本也会极大减小搜索空间 (R包因其数目众多,也是生物类软件依赖解析较慢的原因之一)conda install r-base=4.0.2 r-ggplot2=3.3.2 采用mamba加速软件依赖解析 [mamba采用c++重写了部分解析过程,这个提速效果是很明显的] (安装好mamba后就可以用mamba替换conda进行安装了) conda install mamba -c...
Started an AWS Ubunutu 18.04 server. Installed python. Installed miniconda. Ran conda install -c conda-forge -c bioconda -c defaults prokka No apparent issues with install. Try running prokka Output: Can't locate Bio/Root/Version.pm in @...
conda install-c bioconda sra-tools conda install-c"bioconda/label/cf201901"sra-tools 上面的两个方式都是可以使用conda安装,但是默认安装的说 sra-tools-2.8.0 : 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 The following packages will be downloaded:package|build---|---ca-certificates...
$ conda install-y sra-tools # 调取该软件的命令的帮助文档,下面两句是重点 $ prefetch--help $ fastq-dump--help $ which prefetch # 运行结果示例如下 #/home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/prefetch # 可以看到这个命令确实你刚装的,而且存在于rna的小环境内bin的目录下 ...
samtools#升级到哪个版本了?# remove samtoolsconda remove samtools 不指定软件的版本时,会默认安装软件的最新版本。也可以使用>=来指定最低版本。 3.3 导入/导出环境 在真实项目中需要安装软件众多,相较于使用create和install命令来单个安装软件,更推荐使用environment.yaml来创建环境。
Expected behavior conda install mdbenchmark -n my-python3-env should work. Actual behavior We are getting blocked by the mdsynthesis dependency. Running pip install mdbenchmark in the python 3 environment actually does work. The Travis-C...
在Linux上,正如这里所讨论的,目前获得opencv的最好方法是从conda-forge上的loopbio: conda install -c loopbio -c conda-forge -c pkgw-forge ffmpeg-feature ffmpeg gtk2 opencv 如果你有'现代的CPU',还有一个编译版本'使所有现代的CPU指令集扩展和反对libjpeg-turbo': ...
conda install -h #查看install子命令的帮助 1. 2. 只是这些命令就可以省去不少安装的麻烦了,但是如果软件没搜索到呢? Conda的channel Conda默认的源访问速度有些慢,可以增加国内的源;另外还可以增加几个源,以便于安装更多的软件,尤其是bioconda安装生信类工具。conda-forge通道是Conda社区维护的包含很多不在默认通...