要使用conda安装BLAST(Basic Local Alignment Search Tool),首先需要明确的是,BLAST本身并不是一个标准的conda包,因为它是由NCBI(National Center for Biotechnology Information)开发的一个复杂的应用程序,主要用于生物学数据的比对分析。然而,你可以通过conda的Bioconda或conda-forge频道来安装BLAST或其相关的conda包。 以...
makeblastdb: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory 如是,我去库里看还是版本的问题。复制粘贴下 cp libcrypto.so.1.1 libcrypto.so.1.0.0 再次运行,问题解决。 makeblastdb -in VEGFA.fa -dbtype nucl -out BlastDB/VE...
因为要使用本地blast 我从conda安装，命令如下：conda install -c bioconda blast 安装过程如下：Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.8.4 latest version:...
1. 添加完路径后,接下来就是安装软件,这里以常用的计算生物学软件为例,比如blast, mafft 和 bwa/tophat/tophat2。 但是在使用conda 安装blast的时候,遇到了安装非常慢的问题(一直转圈),感觉是因为这些包没有windows版本的原因。于是,决定还是在WSL2 linux虚拟机上,重复上面操作,提前添加一个bioconda的镜像源,在l...
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可以直接使用conda去安装一些我们需要用到的软件,比如我之后要搭建的blast Q1: 搜索哪些软件可以用conda下载 方法1:网站查询 https://bioconda.github.io/ 方法2:conda search XXX 注:有时候在服务器搜索会很慢 方法3:关键词搜索 Q2: 指定安装软件的版本(以fastqc为例) ...
安装blast conda search blast #搜索blast在conda的名称和版本 conda install blast #安装最新的balst conda install blast=版本号 #安装指定版本 which blastp #查找blastp软件,而不是软件包blast conda list #查看已安装的软件 conda update 软件名 #升级软件 ...
可以直接使用conda去安装一些我们需要用到的软件,比如我之后要搭建的blast 搜索哪些软件可以用conda下载 网站查询 https://anaconda.org/searchhttps://bioconda.github.io/ conda search XXX 有时候在服务器搜索会很慢 关键词搜索 指定安装软件的版本(以fastqc为例) ...
我们安装的是blast,调用的是blastp 三个特殊情况 trim_galore -> trim-galore vep -> ensembl-vep sratoolkit -> sra-tools 查看conda环境中已安装的软件 基本用法:conda list 查看当前环境所安装的软件 扩展用法:1.查看符合正则表达式的软件conda list fast* ...
具体操作包括软件安装，如使用conda安装Blast。搜索可用软件可通过anaconda.org或bioconda.github.io。要指定软件版本，如fastqc 0.11.7，可以添加版本号并使用-y参数跳过确认。Mamba作为Conda的加速版本，提供了更快的下载和并行安装，且在base环境中的包无需重复安装。mamba可用于搜索、安装软件，并显示软件...