于是,决定还是在WSL2 linux虚拟机上,重复上面操作,提前添加一个bioconda的镜像源,在linux上安装软件。 安装blast BLAST包括blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等。 输入conda install blast安装blast。 输入blastn/blastp/blastx/tblastn/tblastx -h查看是否完成安装及使用方法。 安装mafft 多序列比对在生物信...
验证BLAST是否成功安装: 安装完成后,你可以通过在命令行中输入BLAST程序的名称(如blastn,blastp等)并加上--version参数来验证其是否成功安装并可在你的系统路径中找到。例如: bash blastn --version 如果BLAST已成功安装,此命令将返回BLAST的版本信息。如果没有返回版本信息,可能需要在你的PATH环境变量中添加BLAST...
conda install -c bioconda blast ##安装过程如下: Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.8.4 latest version: 4.11.0 Please update conda by running $ conda update -n base -c d...
conda env list / conda info --env #查看共有多少个小环境 conda remove -n python --all #删除conda小环境 软件安装 可以直接使用conda去安装一些我们需要用到的软件,比如我之后要搭建的blast 搜索哪些软件可以用conda下载 网站查询 https://anaconda.org/searchhttps://bioconda.github.io/ conda search XXX ...
$ conda update -n base -c defaults conda Package Plan environment location: /home/lzh/anaconda2/envs/Site-seq added / updated specs: - blast The following packages will be downloaded: package &#...
可以直接使用conda去安装一些我们需要用到的软件,比如我之后要搭建的blast Q1: 搜索哪些软件可以用conda下载 方法1:网站查询 https://bioconda.github.io/ 方法2:conda search XXX 注:有时候在服务器搜索会很慢 方法3:关键词搜索 Q2: 指定安装软件的版本(以fastqc为例) ...
【conda】安装报错“CondaValueError: You have chosen a non-default solver backend (libmamba) but it was n... 本来conda安装软件运行良好,接着安装blast,不知道哪个软件触发了什么,报错 Error while loading conda entry point: conda-libmamba-solver (libarchive.so.19: can not open shared object file:...
我们安装的是blast,调用的是blastp 三个特殊情况 trim_galore -> trim-galore vep -> ensembl-vep sratoolkit -> sra-tools 查看conda环境中已安装的软件 基本用法:conda list 查看当前环境所安装的软件 扩展用法:1.查看符合正则表达式的软件conda list fast* ...
conda remove -n rnaseq -all 出现如下错误(可能由于网络原因部分软件没有下载,其实可以到~/miniconda/pkgs删除这一软件如:tophat;但是不知道是什么软件,故而只能来个粗暴的) OSError: /lib64/liblzma.so.5: version `XZ_5.2' not found (required by /database/miniconda3/lib/libarchive.so.13) ...
可能是和其他软件的依赖软件有冲突 我在另外的conda...环境中安装过quast,我用软连接把之前的安装可执行文件链接到当前的conda环境下 ln -s /mnt/shared/scratch/myan/apps/mingyan/Biotools/mambaforge...和第三步blast比对NT数据库需要的时间很长 我这里用到的数据是拟南芥的数据 所有样本运行完 还要运行 PANZ...