organism='mmu',keyType="kegg")ReadingKEGGannotation online:-->No gene can be mapped...-->Expected input geneID:-->returnNULL...head(enrich)NULL
KEGG:no gene can be mapped/更新clusterProfiler/R语言安装本地包 前几天做KEGG分析的时候,一直提示“no gene can be mapped”。还以为是差异基因太少,富集不出来。后来发现是我的clusterProfiler版本太低。 (查看clusterProfiler版本的方法:在加载了包的情况下,在console输入“?clusterProfiler”,拖到help页面最下面,...
I am using the enrichKEGG function, but my code, that was working last week does not work anymore. Also the example in the vignette doesn't work anymore: data(geneList, package="DOSE") #Vignette example gene_names <- names(geneList)[abs(...
您好,我手上就是一堆gene symbol,可以直接用clusterprofiler吗?我该准备什么样的数据格式才能读取进去呢? 2 冉冉子爱学习 2021-3-25 up主,请问为什么GO富集可以做,但KEGG富集显示no gene can be mapped,expected input gene ID, return null 1 幻夕921 :很正常啊,没有富集到KEGG通路呗,GO和KEGG是两码事...
Hi, I encountered some difficulties using enrichKEGG() function, for the example from document page: gene <- names(geneList)[abs(geneList) > 2] kk <- enrichKEGG(gene = gene, organism = 'hsa', pvalueCutoff = 0.05) results show, --> No gen...
2.提取文件中ensemble geneID和ENTREZID对应信息(Excel分列就可以实现,部分ensemble geneID没有ENTREZID对应,不知道是未收录还是别的原因); 3.Excel“VLOOKUP”函数匹配感兴趣的基因的ENTREZID(具体用法网上有); 4.在R中读取文件信息,然后就可以用R包正常进行分析了。
其中GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库是两个常用的生物学功能注释数据库,但是GO数据库 注释通常包括三个方面的信息:分子功能(Molecular Function)、细胞组分(Cellular Component)和生物过程(Biological Process)。而前面我们演示了:使用topGO增强你的GO数据库注释结果的可视化,是超...
其中GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库是两个常用的生物学功能注释数据库,但是GO数据库 注释通常包括三个方面的信息:分子功能(Molecular Function)、细胞组分(Cellular Component)和生物过程(Biological Process)。而前面我们演示了:使用topGO增强你的GO数据库注释结果的可视化,是超...
Reading KEGGannotationonline:Reading KEGGannotationonline:-->No gene can be mapped...-->Expected input gene ID:-->returnNULL...Warning messages:1:In utils::download.file(url,quiet=TRUE,method=method,...):the'wininet'methodisdeprecatedforhttp://andhttps://URLs2:In utils::download.file(url...
Hi, When running the "enrichWP" function with Entrez gene IDs as input I get the following error: No gene can be mapped... --> Expected input gene ID: --> return NULL... while in other 'enrich' functions (enrichKEGG, enrichGO, ...) it w...