只需要指定待下载的物种:比如拟小鼠(mmu)和人(hsa)。 species <- c("hsa","mmu") createKEGGdb::create_kegg_db(species) # Reading KEGG annotation online: "https://rest.kegg.jp/list/pathway/hsa"... # Reading KEGG annotation online: "https://rest.kegg.jp/list/pathway/mmu"... # Reading...
KEGG数据库我们可以构建一个本地的库然后进行安装: # 安装本地KEGG库remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb")species<-c("mmu","hsa","gga")# 对应物种可以在http://rest.kegg.jp/list/organism查看createKEGGdb::create_kegg_d(species)# 会生成一个./KEGG.db_1.0.tar.gz# 安装install.pack...
小鼠clusterProfiler:GO KEGG ###富集分析 library(clusterProfiler) #人种 org.Hs.eg.db 小鼠 org.Mm.eg.db if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("org.Mm.eg.db") library(org.Mm.eg.db) ##转换ID trans <- bitr(gene, fromType="SYMB...
write.csv(result,file = 'go.result.csv',quote = F,row.names = T,col.names = T)KEGG organism supported organism listed in ' http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html 'hsa 人；mmu 小鼠 kk <- enrichKEGG(gene = trans$ENTREZI...
首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里?GO的注释信息主要来自Bioconductor,提供了19个物种的org类型的GO注释信息。其中包括有常见的物种,如:牛、猪、人类、小鼠等。Bioconductor中更多的注释包可参考http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/ ...
这叫GSEA富集分析,注释信息可以是GO,KEGG,也可以是其它任何符合格式的信息。GSEA富集分析 - 界面操作详细讲述了GSEA分析的原理、可视化操作和结果解读。 微信公众号biobabble的主创Y叔写有9个Bioconductor包,其中两个DOSE和clusterProfiler囊括了前面提到的两种富集分析方法。并且不只支持GO、KEGG数据库,还支持Disease ...
按照标准流程对GEO上下的数据进行数据处理，差异分析，富集分析 到enrichKEGG的这一步的时候就出现了Error。Error in download.KEGG.Path(species) :'species' should be one of organisms listed in ' http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html' ...提示我输入的物种缩写名错了，必须是KEGG...
mulea R 包是一个全面的功能性富集分析工具,它提供了两种不同的方法: 对于非排序元素,如显著上、下调基因,mulea 采用基于集合的过表达分析(overrepresentation analysis 、ORA)。mulea 采用了一种渐进的经验假发现率(eFDR)方法,这种方法专门为相互关联的生物数据设计,以准确识别不同GO中的显著Term。
在R语言的生物信息学分析中，clusterProfiler包因其强大的基因富集分析功能而备受青睐。这个工具不仅易于使用，还能生成专业的可视化结果。我们已经详细讲解过如何利用它进行GO和KEGG富集分析，包括结果展示的多种方式，如柱形图和气泡图，以及如何计算富集倍数。对于初次接触的用户，我们还提供了视频教程，从基础...
☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图 ☞GO和KEGG富集结果如何显示基因symbol 还有计算富集倍数的三种方法 ☞GO和KEGG富集倍数(Fold Enrichment)如何计算 对于没有太多基础的小伙伴,小编还特地录制了视频进行了详细的讲解 ☞GO简介及GO富集结果解读 ...