clusterProfiler是一个功能强大的R包,同时支持GO和KEGG的富集分析,而且可视化功能非常的优秀,本章主要介绍利用这个R包来进行Gene Ontology的富集分析。 进行GO分析时,需要考虑的一个基础因素就是基因的GO注释信息从何处获取。Bioconductor上提供了以下19个物种的Org类型的包,包含了这些物种的GO注释信息 clusterProfiler在做...
一般我们对人这个物种中的基因做富集分析的时候,都会用到org.Hs.eg.db这个注释数据库,Hs代表的是human。小编也讨论过如何安装这个注释数据库。☞加载R包org.Hs.eg.db出错,避坑指南! library(org.Hs.eg.db) library(clusterProfiler) ego <- enrichGO(gene = DEG, OrgDb=org.Hs.eg.db, ont = "all",...
cnetplot() 函数将基因和生物学概念(例如 Gene Ontology 条目或 KEGG 通路)之间的关联描绘成一个网络,从而直观地展示基因与功能术语之间的关系。 除了标准的富集分析结果,cnetplot() 函数也支持基因集富集分析 (GSEA) 的结果展示,并仅显示核心富集基因。 cnetplot函数所需要的输入内容: 代码语言:javascript 复制 lib...
clusterProfiler是一个R语言包,广泛用于生物信息学中的富集分析。它支持多种数据库,如基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG),用于研究特定的基因集合与生物学功能、通路或分类之间的关联。 2. 准备需要进行富集分析的数据 在进行富集分析之前,需要准备一组感兴趣的基因或蛋白质列表。这些基因通常是从高通量...
clusterProfiler包做GO分析 elaine2017 R语言通路富集分析clusterProfiler 在我们获得差异基因后,想知道差异基因的功能,这时候就需要对这些差异基因进行富集分析,在线的网站一般包括David、KOBAS等。但是有时候会需要网站更新没办法使用的情况,我们就需要使用R… JPom bash脚本中的参数传递 https://mp.weixin.qq.com/s/M4...
简单总结clusterProfiler包进行GO、KEGG的富集分析方法,结果输出及内置的图形展示。 一bioconductor包安装 #PS:安装是否顺利,看缘分了 #source("https://bioconductor.org/biocLite.R") #biocLite("DOSE") #biocLite("topGO") #biocLite("clusterProfiler") ...
简介: R|clusterProfiler-富集分析 简单总结clusterProfiler包进行GO、KEGG的富集分析方法,结果输出及内置的图形展示。 一bioconductor包安装 #PS:安装是否顺利,看缘分了 #source("https://bioconductor.org/biocLite.R") #biocLite("DOSE") #biocLite("topGO") #biocLite("clusterProfiler") #biocLite("pathview") #...
直接调用clusterProfiler中的包进行分析,会直接联网下载每一个pathway的名字 5.使用enricher()函数进行富集分析 library(clusterProfiler)de_ekp<-enricher(gene,TERM2GENE=pathway2gene,TERM2NAME=pathway2name,pvalueCutoff=0.05,qvalueCutoff=0.05)de_ekp_df<-as.data.frame(de_ekp) ...
clusterProfiler提供了用于hypergeometric test的enricher函数和用于基因集富集分析的GSEA函数,用于接受用户定义的注释。它们接受另外两个参数TERM2GENE和TERM2NAME。从参数名可以看出,TERM2GENE是一个data.frame,第一列为term ID,第二列为对应映射基因;TERM2NAME是一个data.frame,第一列为term ID,第二列为对应term ...