在未校正的p<0.01下,有14个基因集富集显著,在未校正的p<0.05下,有21个基因集富集显著;富集结果浏览,可点击Snapshot展示了ES绝对值最大的20个基因集的图。点击enrichment results in html format查看详细的网页形式的富集分析结果。点击enrichment results in excel查看详细的Excel表格形式的富集结果。点击Guide to的...
目前能够进行GO、KEGG富集分析的工具有很多,不同的工具之间在算法、数据库上存在不同,因此结果也可能大相径庭。本篇就以R包clusterProfiler的方法为例(该包基于超几何分布的原理),展示如何基于给定的差异基因列表进行GO、KEGG富集分析。 使用R包clusterProfiler进行GO/KEGG富集分析(有参/无参)mp.weixin.qq.com/s...
clusterProfiler包是Y叔开发的一个强大的能进行多种功能富集的R包,对于有OrgDb或AnnotationHub中收录的物种进行GO和KEGG的富集分析非常的方便,但是对于非模式、没有相应数据库收录的物种也是可以进行这些富集分析的。我们可以通过Blast2GO、KAAS或InterProScan等软件获得相应物种的GO和KEGG的注释结果,通过enricher函数以及TERM...
对于KEGG富集分析，过程与GO分析相似。有参分析直接链接至KEGG数据库，而无参分析则需要进行KEGG注释，以获取背景基因集。同样使用clusterProfiler的enrichKEGG()函数进行分析。无论有参还是无参，clusterProfiler提供丰富的可视化工具帮助用户理解分析结果，如热图、条形图等。这使得结果解读更为直观，便于科研人员...