在未校正的p<0.01下,有14个基因集富集显著,在未校正的p<0.05下,有21个基因集富集显著;富集结果浏览,可点击Snapshot展示了ES绝对值最大的20个基因集的图。点击enrichment results in html format查看详细的网页形式的富集分析结果。点击enrichment results in excel查看详细的Excel表格形式的富集结果。点击Guide to的...
转录组鉴定了差异表达基因后,通常会进行GO或KEGG富集分析,识别这些差异基因的功能或参与调控的通路,来说明关键基因表达上调/或下调后可能会导致哪功能或通路被激活/或抑制,进而与表型进行联系。 目前能够进行GO、KEGG富集分析的工具有很多,不同的工具之间在算法、数据库上存在不同,因此结果也可能大相径庭。本篇就以R...
clusterProfiler包是Y叔开发的一个强大的能进行多种功能富集的R包,对于有OrgDb或AnnotationHub中收录的物种进行GO和KEGG的富集分析非常的方便,但是对于非模式、没有相应数据库收录的物种也是可以进行这些富集分析的。我们可以通过Blast2GO、KAAS或InterProScan等软件获得相应物种的GO和KEGG的注释结果,通过enricher函数以及TERM...
本篇将以R包clusterProfiler为例，展示基于给定差异基因列表进行GO与KEGG富集分析的方法。要进行GO或KEGG富集分析，首先需要获取转录组差异表达数据，并从中选择差异基因作为分析的起点。clusterProfiler基于超几何分布原理，能有效地对这些基因进行功能富集分析。本篇以R包clusterProfiler为例，演示如何进行基于参考...
这叫GSEA富集分析,注释信息可以是GO,KEGG,也可以是其它任何符合格式的信息。GSEA富集分析 - 界面操作详细讲述了GSEA分析的原理、可视化操作和结果解读。 微信公众号biobabble的主创Y叔写有9个Bioconductor包,其中两个DOSE和clusterProfiler囊括了前面提到的两种富集分析方法。并且不只支持GO、KEGG数据库,还支持Disease ...