这些结果表明,在精子发生过程中,Ddx43是高乙酰化H4排出和DNA修复所必需的。 6.4 Ddx43突变诱导的分化轨迹异常 图4 使用在第21天和第28天收集的野生型和Ddx43突变睾丸组织进行RNA-seq,这两个时间点分别富集了精母细胞和圆形精母细胞。然而,与野生型相比,Ddx43-/-型中只有3个和109个表达基因发生了显著改变,Ddx...
CLIP-seq结合了实验和测序方法,可以研究某种蛋白质在体内的RNA的结合情况。原理为基于RNA和RNA结合蛋白在紫外线照射下发生偶联,再经过蛋白特异性抗体将其沉淀,回收片段,再经添加接头,PCR扩增,进行高通量测序,最后经过生物信息学方法分析和处理得到相应的结果。本篇文章注重讨论后续的生物信息学处理。 这篇文章总结一下...
尽管一些峰值calling程序的使用更为广泛,但每个峰值calling程序都有其特定的优点和缺点,因此比较几种方法的结果可能是有利的。 尽管在许多CLIP-SEQ出版物中,峰值calling通常是最后一步,但一个重要的后续任务是根据CLIP-SEQ数据确定结合模型。 这一点至关重要,因为CLIP-SEQ实验高度依赖于实验所在细胞的转录状态。 因此...
处理CLIP-seq数据的方法总结 CLIP-seq结合了实验和测序方法,可以研究某种蛋白质在体内的RNA的结合情况。原理为基于RNA和RNA结合蛋白在紫外线照射下发生偶联,再经过蛋白特异性抗体将其沉淀,回收片段,再经添加接头,PCR扩增,进行高通量测序,最后经过生物信息学方法分析和处理得到相应的结果。本篇文章注重讨论后续的生物信息...
Computational analysis of CLIP-seq data. |核心内容: CLIP-SEQ实验是目前在全基因组水平上确定RNA结合蛋白结合位点的最重要手段。 计算分析可分为三个步骤。 在第一个预处理阶段,必须修剪原始读数并将其映射到基因组。该步骤必须特别适用于每个CLIP-SEQ协议。
CLIP-seq(Cross-Linking Immunoprecipitation followed by Sequencing)是一种结合实验和测序的方法,用于研究特定蛋白质在体内的RNA结合情况。CLIP-seq数据分析通常包括数据获取、预处理、比对、峰值识别等多个步骤。以下是CLIP-seq数据分析的详细过程: 1. 了解CLIP-seq数据分析的基本概念 CLIP-seq技术通过紫外线照射使RNA...
CLIP-SEQ实验是目前在全基因组水平上确定RNA结合蛋白结合位点的最重要手段。 计算分析可分为三个步骤。 在第一个预处理阶段,必须修剪原始读数并将其映射到基因组。该步骤必须特别适用于每个CLIP-SEQ协议。 下一步是峰值calling,这是去除非特异性信号和确定靶RNA上真正的蛋白结合位点所必需的。在这里,试验方案特异的...
接着，本文将重点介绍用于研究RNA结合蛋白调控机制的另一种方法——CLIP-seq技术。1 CLIP技术 CLIP技术由Jernej Ule教授于2003年开发，通过紫外线照射形成共价键，从而获得高纯度的蛋白质-RNA复合物。该技术特别用于鉴定NovaRNA复合物，并在特定条件下与Nova蛋白形成交联。实验结果揭示了Nova蛋白的存在对于...
CLIP-seq，全名Crosslinking immunoprecipitation-high-throughput-sequencing，是一种革命性的分子生物学技术，它通过紫外线交联和免疫沉淀相结合，揭示了蛋白与RNA之间互动的微观世界。其工作流程如精密的交响乐，首先通过UV交联将RNA和蛋白复合物紧密结合，形成不可逆的键结，随后细胞裂解、RNA片段化，目标蛋白...
采用 (CLIP-seq)方法探究得到Y. pestis中全基因组的hfq结合RNA。发现Y. pestis的Hfq结合80%以上为mRNA,而且Hfq结合非编码小RNA (sRNAs),Motif为AGAAUAA和GGGGAUUA。这些结果共同展示了高质量的Hfq-RNA在Y. pestis中的相互作用图谱,这对于进一步破译Hfq-sRNAs在Y. pestis中的调控作用具有重要意义。