然后,输入circRNA成熟序列(fasta序列格式),在RNA-RNA interaction region功能项中勾选miRNA Target Sites,选择对应的物种、设置score和free_energy参数(也可不调整,直接选默认参数),值得注意的是RegRNA 2.0使用的miRNA结合位点算法是基于miRanda。最后点击页面底部的submit按钮即可进行在线预测。 整个预测速度还是非常快的,...
mirSVR是一套打分机制,通过一个回归模型对miRanda预测出来的结合位点进行打分,分值越低该结合位点越可靠。 开发者通过miRanda和mirSVR, 预测了人,小鼠等5个常见物种的miRNA集合位点信息,并将结果整理成了数据库,网址如下 http://www.microrna.org/microrna/home.do 该数据库中包含的物种和miRNA数量汇...