circBase综合RegRNA2.0预测circRNA-miRNA结合位点 本期内容: circRNA-miRNA结合位点预测方法 一. circBase数据库 circBase是一个记录了H.sapiens、mouse、D.melanogaster和C.elegans这4个物种circRNA信息的公开数据库。数据库circRNA以“物种_circ_8位数编号”(hsa_circ_0000430)的命名方式记录,少量circRNA会提供其他形式...
需要说明的是circMir数据库采用了miRanda (http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do) 与RNAhybrid (https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid/) 两种程序来预测circRNA-miRNA交互,而之所以强调这一点是因为众多可以预测所结合的miRNA的circRNA数据库都是基于各大已知的相关miRNA数据库运作的。如...
与circRNA结合的miRNA预测 circbank网站 打开circbank网站,点击miRNA,输入circRNA的ID,点击Search,即可获得与该circRNA结合的miRNA信息:具体的miR_ID,及结合位点的个数与具体位置,以hsa-miR-6738-3p为例,最后一栏是hsa_circ_0001274与hsa-miR-6738-3p...
对五对BCa样品进行circRNA（circRNA）测序，并筛选出circFAM13B（hsa_cir_0001535），因为其在BCa中的表...
越来越多的证据表明circRNA通过与miRNA相互作用在疾病的产生和治疗中发挥着重要作用。因此,准确预测潜在的circRNA-miRNA相互作用(CMI)十分重要。然而,传统的湿实验耗时费力,并且结果会受到客观因素的影响。在本文中,作者提出了一个计算模型BCMCMI,BCMCMI在两个CMI预测的基准数据集上相比其他最先进的模型取得了优越的结果...
mirna相互作用预测cmi特征融合 摘要I摘要随着生物分子研究和测序技术的发展,环状RNA(circRNA)的重要作用被逐渐揭示。这类大量存在于真核动物细胞中的具有闭环结构的非编码RNA,可以与微小RNA竞争性结合,进而调控基因表达,可能导致多种复杂疾病的产生和发展。CircRNA可以作为多种疾病的潜在诊断标志物,并为疾病中分子调控网络...
1.RNA相互作用神器——ENCORI | 2.R下载合并ENCORI miRNA靶基因数据 | 3.R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇 | 4.R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-TargetScan篇 | 5.miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测 | 6.ENCORI预测miRNA-lncRNA调控关系
运行circMir应用程序后，主界面分为三个部分：左侧用于输入circRNA，中间用于输入miRNA，右侧用于图形化展示。需要注意的是，circMir数据库采用了miRanda和RNAhybrid两种程序来预测circRNA-miRNA交互，这是因为它基于各大已知的相关miRNA数据库运作，如circbank数据库基于Targetscan及miRanda程序。接下来，我将详细...
(57)摘要本发明公开一种circRNA和miRNA关联关系高效预测方法,包括如下步骤:1、下载circRNA、疾病与miRNA数据,构建circRNA与miRNA的邻接矩阵A;2、计算基于疾病和miRNA的circRNA高斯内核相似度矩阵CCIS和CMIS,计算circRNA的序列相似度矩阵CES;计算基于疾病和circRNA的miRNA高斯内核相似度矩阵MIS和MCIS;3、构建circRNA和miRNA的...
一种基于集成学习的circRNA-miRNA相互作用关系预测方法专利信息由爱企查专利频道提供,一种基于集成学习的circRNA-miRNA相互作用关系预测方法说明:本发明实施例公开了一种基于集成学习的circRNA与miRNA相互作用关系的预测方法,包括步骤(1)...专利查询请上爱企查