需要说明的是circMir数据库采用了miRanda (http://www.microrna.org/microrna/getDownloads.do) 与RNAhybrid (https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid/) 两种程序来预测circRNA-miRNA交互,而之所以强调这一点是因为众多可以预测所结合的miRNA的circRNA数据库都是基于各大已知的相关miRNA数据库运作的。如...
circBase综合RegRNA2.0预测circRNA-miRNA结合位点 本期内容: circRNA-miRNA结合位点预测方法 一. circBase数据库 circBase是一个记录了H.sapiens、mouse、D.melanogaster和C.elegans这4个物种circRNA信息的公开数据库。数据库circRNA以“物种_circ_8位数编号”(hsa_circ_0000430)的命名方式记录,少量circRNA会提供其他形式...
o 可以利用数据库如 miRDB, miRTarBase 等查找miRNA的功能和靶基因信息。4. 文献检索 • 检索已发表的文献,查找与你的circRNA相关的miRNA。o PubMed, Google Scholar 等文献数据库可以帮助你快速找到相关文献。5. 实验验证 • 生物信息学预测的结果需要通过实验验证。o 双荧光素酶报告基因实验:...
通过多个实验评价指标和案例研究可以证明,KGHS-CMI模型是预测circRNA-miRNA相互作用的有力工具。(3)针对缺乏RNA序列等属性信息的circRNA-miRNA相互作用预测任务,本文提出了一种结合网络拓扑结构嵌入、异构图表示学习和神经网络的circRNA- miRNA相互作用预测模型,名为SSGCN-CMI。SSGCN-CMI模型结合平衡理论的概念定义circRNA...
输入要预测的circRNA序列,点击GO, 即可获得预测到的与circRNA结合的miRNA信息, starbase网站 打开starbase网站,选择对应的物种,输入circRNA ID, 以hsa_circ_0001946为例,输入hsa_circ_0001946,即可获得Ago CLIP-seq 数据支持的 miRNA-circRNA 互作。 ...
越来越多的证据表明circRNA通过与miRNA相互作用在疾病的产生和治疗中发挥着重要作用。因此,准确预测潜在的circRNA-miRNA相互作用(CMI)十分重要。然而,传统的湿实验耗时费力,并且结果会受到客观因素的影响。在本文中,作者提出了一个计算模型BCMCMI,BCMCMI在两个CMI预测的基准数据集上相比其他最先进的模型取得了优越的结果...
运行circMir应用程序后,主界面分为三个部分:左侧用于输入circRNA,中间用于输入miRNA,右侧用于图形化展示。需要注意的是,circMir数据库采用了miRanda和RNAhybrid两种程序来预测circRNA-miRNA交互,这是因为它基于各大已知的相关miRNA数据库运作,如circbank数据库基于Targetscan及miRanda程序。接下来,我将详细...
今天给大家介绍的regRNA 2.0在线数据库就可以解决这个问题,下面举例给大家演示如何通过regRNA 2.0数据库基于circRNA序列预测miRNA结合位点。 RegRNA2.0网址:http://regrna2.mbc./ 首先打开RegRNA 2.0网站,在菜单栏中找到Scan项点击进入Scan页面。 然后,输入circRNA成熟序列(fasta序列格式),在RNA-RNA interaction region功能...
(57)摘要本发明公开一种circRNA和miRNA关联关系高效预测方法,包括如下步骤:1、下载circRNA、疾病与miRNA数据,构建circRNA与miRNA的邻接矩阵A;2、计算基于疾病和miRNA的circRNA高斯内核相似度矩阵CCIS和CMIS,计算circRNA的序列相似度矩阵CES;计算基于疾病和circRNA的miRNA高斯内核相似度矩阵MIS和MCIS;3、构建circRNA和miRNA的...
circRNA与miRNA相互作用关系的预测方法,包括 步骤:(1)构建数据集,从ENCORI数据库获取 circRNA‑miRNA相互作用数据,circRNA‑RBP的相 互作用数据,提出重复项后,分别作为正样本与 负样本,(2)运用不同的工具分别提取四类序列 衍生特征,(3)基于集成学习设计circMI方法,预测circRNA‑miRNA的相互作用关系,(4)运用两...