转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 ...
peak=GenomicRanges::GRangesList(WG1=readPeakFile("8WG16-1.sorted.bam_peaks.narrowPeak"),WG2=readPeakFile("8WG16-2.sorted.bam_peaks.narrowPeak"))#(先指定的在右侧,这个比较奇怪,所以以后还是要改成2号在前) 使用ChIPseeker包中的readPeakFile函数将bed文件读入到R,并存储为GRanges对象 covplot(peak,...
这里用annotatePeak函数来对peak进行注释(准备好前面那两个文件)。值得一提的是,在注释上,ChIPseeker没有物种限制,当然物种得有那两个文件。 查看peaks在基因组上的分布: 代码语言:javascript 复制 ##指定tssRegion(启动子区域),一般TSS上下游区域作为启动子区域 f=getSampleFiles()[[4]]peakAnno=annotatePeak(f,...
一个R 的 bioconductor 包 ChIPpeakAnno 来做 CHIP-seq 的 peaks 注释,下面的包自带的示例: library(ChIPpeakAnno) bed <- system.file("extdata", "MACS_output.bed", package="ChIPpeakAnno") gr1 <- toGRanges(bed, format="BED", header=FALSE) ## one can also try import from rtracklayer libr...
数据分析:Peak calling是ChIP-Seq数据分析的关键步骤,需要使用专门的生物信息学工具来识别和注释这些区域...
结果的注释用的是Y叔的Chipseeker包。 ChIPseeker的功能分为三类: ● 注释:提取peak附近最近的基因, 注释peak所在区域 ● 比较:估计ChIP peak数据集中重叠部分的显著性;整合GEO数据集,以便于将当前结果和已知结果比较 ● 可视化: peak的覆盖情况;TSS区域结合的peak的平均表达谱和热图;基因组注释;TSS距离;peak和基因的...
3. 基因注释 由于转录因子,如名称所示,可能调节其靶基因的转录,我们使用 ChIPseeker 包将代表潜在转录因子结合事件的峰与其重叠或最接近的 mm10 基因相关联。 library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene)library(ChIPseeker)peakAnno<-annotatePeak(macsPeaks_GR,tssRegion=c(-1000,1000),TxDb=TxDb.Mmusculus.UCSC....
在chip_seq数据分析中,peak calling是核心,得到peak区间之后,我们首先需要对peak进行注释。所谓的注释其实是一个比较宽泛的概念,其中包含了以下多种类型的注释信息 1. enrichment profile profile是一个生信分析中的高频词汇,在不同组学数据中有不同的含义,在这里代表的是peak区域的reads在基因组上的分布。最基础的注...
data(TSS.human.GRCh37) ## 主要是借助于这个GRanges对象来做注释,也可以用getAnnotation来获取其它GRanges对象来做注释 ## featureType : TSS, miRNA, Exon, 5'UTR, 3'UTR, transcript or Exon plus UTR peaks=MUT_rep1_peaks macs.anno <- annotatePeakInBatch(peaks, AnnotationData=TSS.human.GRCh37, ...